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万見
- PDB-1e5c: Internal xylan binding domain from C. fimi Xyn10A, R262G mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5c
タイトルInternal xylan binding domain from C. fimi Xyn10A, R262G mutant
要素XYLANASE D
キーワードHYDROLASE / XYLAN BINDING DOMAIN / XYLANASE / BETA-SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / polysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #290 / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. ...Immunoglobulin-like - #290 / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Glycoside hydrolase family 11/12 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional xylanase/deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種CELLULOMONAS FIMI (バクテリア)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Simpson, P.J. / Hefang, X. / Bolam, D.N. / Gilbert, H.J. / Williamson, M.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The Structural Basis for the Ligand Specificity of Family 2 Carbohydrate Binding Nodules
著者: Simpson, P.J. / Hefang, X. / Bolam, D.N. / Gilbert, H.J. / Williamson, M.P.
履歴
登録2000年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月14日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_nmr_representative / Item: _pdbx_nmr_representative.conformer_id
改定 1.42018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.gene_src_strain
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLANASE D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6871
ポリマ－8,6871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 505 REPRESENTATIVE STRUCTURES CHOSEN FROM 33 LOW ENERGY STRUCTURES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 XYLANASE D / XBD1 / ENDO-1 / 4-BETA-XYLANASE D


分子量: 8687.275 Da / 分子数: 1 / 断片: XYLAN BINDING DOMAIN 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CELLULOMONAS FIMI (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P54865, endo-1,4-beta-xylanase
構成要素の詳細CHAIN A MUTATION: R262G
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121DQF-COSY
131NOESY
141E.COSY
151HSQC
161NOESY-HMQC
171TOCSY-HMQC
181HNHA
191HNHB
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HETERONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY ON A UNIFORMLY 15N-LABELLED SAMPLE OF XBD1 (R262G)

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試料調製

詳細内容: 50MM SODIUM PHOSPHATE, 10MM AZIDE
試料状態pH: 5 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
Felix97構造決定
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: YASAP
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 5 REPRESENTATIVE STRUCTURES CHOSEN FROM 33 LOW ENERGY STRUCTURES
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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