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万見
- PDB-1e4u: N-terminal RING finger domain of human NOT-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e4u
タイトルN-terminal RING finger domain of human NOT-4
要素TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR NOT4
キーワードGENE REGULATION / TRANSCRIPTIONAL CONTROL
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / regulation of megakaryocyte differentiation / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / protein autoubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / regulation of megakaryocyte differentiation / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / protein autoubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RING/Ubox like zinc-binding domain / CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 ...RING/Ubox like zinc-binding domain / CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Zinc finger RING-type profile. / RNA-binding domain superfamily / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Hanzawa, H. / De Ruwe, M.J. / Albert, T.K. / Van Der Vliet, P.C. / Timmers, H.T. / Boelens, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The Structure of the C4C4 Ring Finger of Human not4 Reveals Features Distinct from Those of C3Hc4 Ring Fingers
著者: Hanzawa, H. / De Ruwe, M.J. / Albert, T.K. / Van Der Vliet, P.C. / Timmers, H.T. / Boelens, R.
履歴
登録2000年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR NOT4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2503
ポリマ－9,1191
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 200TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #29

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR NOT4


分子量: 9119.444 Da / 分子数: 1 / 断片: RING FINGER DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O95628
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細内容: 1MM PROTEIN
試料状態イオン強度: 170MM KCL / pH: 7.0 / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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