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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+48 | ||||||
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タイトル | L-Fuculose 1-Phosphate Aldolase from Escherichia coli Mutant E73Q/Y113F/Y209F | ||||||
![]() | L-FUCULOSE 1-PHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
![]() | ALDOLASE (CLASS II) / BACTERIAL L-FUCOSE METABOLISM / CLEAVAGE OF L-FUCULOSE 1-PHOSPHATE TO DIHYDROXYACETONE PHOSPHATE AND L-LACTALDEHYDE / MUTANT STRUCTURE | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity / D-arabinose catabolic process / L-fucose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Joerger, A.C. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of L-Fuculose-1-Phosphate Aldolase Mutants Outlining Motions During Catalysis 著者: Joerger, A.C. / Mueller-Dieckmann, C. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Catalytic Action of Fuculose 1-Phosphate Aldolase (Class II) as Derived by Structure-Directed Mutagenesis 著者: Joerger, A.C. / Gosse, C. / Fessner, W.-D. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: Catalytic Mechanism of the Metal-Dependent Fuculose Aldolase from Escherichia Coli as Derived from the Structure 著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: The Spatial Structure of the Class II L-Fuculose-1-Phosphate Aldolase from Escherichia Coli 著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23772.334 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: E73Q, Y113F, AND Y209F MUTATIONS PERFORMED WITH PHOSPHOROTHIOATE METHOD USING M13MP19 プラスミド: PKKFA2-E73Q/Y113F/Y209F / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P11550, UniProt: P0AB87*PLUS, L-fuculose-phosphate aldolase |
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#2: 化合物 | ChemComp-BME / |
#3: 化合物 | ChemComp-13P / |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | CHAIN P ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: CRYSTALS GROWN FROM AMMONIUM SULFATE AT PH 8.0, VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, CONDITIONS CLOSE TO THE ONES REPORTED FOR THE WILD-TYPE, SEE PDB ID 1FUA FOR FURTHER DETAILS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Dreyer, M.K., (1996) Acta Crystallog. sect., D52, 1082. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MULTIWIRE SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→10 Å / Num. obs: 13420 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 89 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89 % / Num. unique obs: 1143 / Rmerge(I) obs: 0.19 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.97→10 Å / SU B: 1.55 / SU ML: 0.04 / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.17 詳細: THE 9 C-TERMINAL RESIDUES (LYS207 - GLU 215) WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |