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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e2i | ||||||
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タイトル | The nucleoside binding site of Herpes simplex type 1 thymidine kinase analyzed by X-ray crystallography | ||||||
![]() | THYMIDINE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ADENINE ANALOG / ENZYME-PRODRUG GENE THERAPY / NUCLEOSIDE- BINDING / THYMIDINE KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vogt, J. / Scapozza, L. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Nucleoside Binding Site of Herpes Simplex Type 1 Thymidine Kinase Analyzed by X-Ray Crystallography 著者: Vogt, J. / Perozzo, R. / Pautsch, A. / Prota, A. / Schelling, P. / Pilger, B. / Folkers, G. / Scapozza, L. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Wild, K. / Bohner, T. / Aubry, A. / Folkers, G. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal Structures of the Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type-1 in Complex with Deoxythymidine and Ganciclovir 著者: Brown, D.G. / Visse, R. / Sandhu, G. / Davies, A. / Rizkallah, P.J. / Melitz, C. / Summers, W.C. / Sanderson, M.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 490.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 511.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.92993, -0.31266, -0.19356), ベクター: 詳細 | THE STRONG CRYSTAL PACKING GENERATED USING X , 1-Y, -Z GIVESCHAIN A TO CHAIN A (SYMMETRY RELATED) CONTACTS. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35779.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 17 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: LITHIUM SULFATE, HEPES, DTT, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 8 / PH range high: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8468 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 54250 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.425 / % possible all: 96 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.05 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1VTK 解像度: 1.9→20 Å / SU B: 2.4 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.16
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |