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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e2a | ||||||
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タイトル | ENZYME IIA FROM THE LACTOSE SPECIFIC PTS FROM LACTOCOCCUS LACTIS | ||||||
要素 | ENZYME IIA | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ENZYME IIA / HELICAL BUNDLES / PTS / PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactococcus lactis (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT, ANOMALOUS SCATTERING (SIRAS) / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sliz, P. / Engelmann, R. / Hengstenberg, W. / Pai, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: The structure of enzyme IIAlactose from Lactococcus lactis reveals a new fold and points to possible interactions of a multicomponent system. 著者: Sliz, P. / Engelmann, R. / Hengstenberg, W. / Pai, E.F. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Crystallization and Preliminary Structural Studies of Lactose-Specific Enzyme Iia from Lactococcus Lactis 著者: Sliz, P. / Schorter, K.H. / De Vos, W.M. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e2a.cif.gz | 69.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e2a.ent.gz | 52.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1e2a_validation.pdf.gz | 374.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1e2a_full_validation.pdf.gz | 375.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1e2a_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1e2a_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/1e2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/1e2a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11463.118 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: MG1820 / 遺伝子: LACF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P23532, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE SITTING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE AT ROOM TEMPERATURE USING A SMALL INCREASE IN THE PHOSPHATE BUFFER. THE PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 0.15M NA/K ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE SITTING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE AT ROOM TEMPERATURE USING A SMALL INCREASE IN THE PHOSPHATE BUFFER. THE PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 0.15M NA/K PHOSPHATE BUFFER, PH 6.4. THE LARGEST CRYSTALS APPEARED IN CIRCA A WEEK., vapor diffusion - sitting drop Temp details: room temp | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.94 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→15 Å / Num. obs: 16632 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 98.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.363 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT, ANOMALOUS SCATTERING (SIRAS) 解像度: 2.3→8 Å / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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