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- PDB-1e21: Ribonuclease 1 des1-7 Crystal Structure at 1.9A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+21
タイトルRibonuclease 1 des1-7 Crystal Structure at 1.9A
要素RIBONUCLEASE 1
キーワードHYDROLASE / HUMAN PANCREATIC RIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pous, J. / Mallorqui-Fernandez, G. / Peracaula, R. / Terzyan, S.S. / Futami, J. / Tada, H. / Yamada, H. / Seno, M. / De Llorens, R. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Three-Dimensional Crystal Structure of Human Rnase 1Dn7 at 1.9A Resolution
著者: Pous, J. / Mallorqui-Fernandez, G. / Peracaula, R. / Terzyan, S.S. / Futami, J. / Tada, H. / Yamada, H. / Seno, M. / De Llorens, R. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M.
履歴
登録2000年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5391
ポリマ－14,5391
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.691, 42.733, 79.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE 1 / RNASE 1


分子量: 14539.300 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: PANCREAS / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07998, EC: 3.1.27.5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A AMINO-TERMINALLY TRUNCATED
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 28 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 7% PEG 8K, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
27 %(v/v)PEG80001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月15日
詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220 MULTILAYER TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 8618 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 87.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 27390
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.2 % / Rmerge(I) obs: 0.364

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7RSA

7rsa


解像度: 1.9→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: RESIDUES 126, 127 AND 128 NOT SEEN IN DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 449 5 %RANDOM
Rwork0.1959 ---
obs0.1959 8592 92.3 %-
溶媒の処理Bsol: 50.93 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.496 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数939 0 0 137 1076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 60 6 %
Rwork0.2541 928 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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