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万見
- PDB-1e19: Structure of the carbamate kinase-like carbamoyl phosphate synthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+19
タイトルStructure of the carbamate kinase-like carbamoyl phosphate synthetase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus bound to ADP
要素CARBAMATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / HYPERTHERMOPHILES / ADP SITE / ARGININE METABOLISM PHOSPHORYL GROUP TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamate kinase / carbamate kinase activity / L-arginine deiminase pathway / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbamate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Carbamate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ramon-Maiques, S. / Marina, A. / Uriarte, M. / Fita, I. / Rubio, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The 1.5-A Resolution Crystal Structure of the Carbamate Kinase-Like Carbamoyl Phosphate Synthetase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus, Bound to Adp, Confirms that ...タイトル: The 1.5-A Resolution Crystal Structure of the Carbamate Kinase-Like Carbamoyl Phosphate Synthetase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus, Bound to Adp, Confirms that This Thermoestable Enzyme is a Carbamate Kinase, and Provides Insights Into Substrate Binding and Stability in Carbamate Kinases
著者: Ramon-Maiques, S. / Marina, A. / Uriarte, M. / Fita, I. / Rubio, V.
履歴
登録2000年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBAMATE KINASE
B: CARBAMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8546
ポリマ－68,9512
非ポリマー9034
水12,899716
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-57.4 kcal/mol
Surface area25050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.400, 91.700, 133.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.958996, -0.047676, 0.279105), (-0.045924, -0.998832, -0.012663), (0.279287, -0.000725, -0.960184)
ベクター: -7.73523, 70.02999, 66.25964)

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要素

#1: タンパク質 CARBAMATE KINASE / CARBAMATE KINASE-LIKE CARBAMOYLPHOSPHATE SYNTETASE / CARBAMATE KINASE-LIKE CARBAMOYLPHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 34475.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / 参照: UniProt: P95474, carbamate kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 8
詳細: 1.3M SODIUM CITRATE 0.1M TRIS-HCL, PH=8.5, 0-10% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN SOLUTION: 10MG/ML OF PROTEIN IN 10MM TRIS-HCL CONTAINING 20MM ATP AND MGCL2, pH 8.00
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 mMTris-HCl1drop
220 mMATP1drop
320 mM1dropMgCl2
41.3 Msodium citrate1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.93
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→76.67 Å / Num. obs: 116569 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 448640
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 98.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B7B

1b7b


解像度: 1.5→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 6517 6 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-101284 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4826 0 56 716 5598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg9.9
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.66 Å / Rfactor Rfree: 0.267 / Num. reflection Rfree: 1593 / Num. reflection obs: 24677 / Rfactor obs: 0.229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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