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万見
- PDB-1e17: Solution structure of the DNA binding domain of the human Forkhea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+17
タイトルSolution structure of the DNA binding domain of the human Forkhead transcription factor AFX (FOXO4)
要素AFX
キーワードDNA BINDING DOMAIN / WINGED HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of smooth muscle cell differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress / negative regulation of G0 to G1 transition / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Cardiogenesis / muscle organ development / positive regulation of smooth muscle cell migration / FOXO-mediated transcription of cell death genes ...negative regulation of smooth muscle cell differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress / negative regulation of G0 to G1 transition / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Cardiogenesis / muscle organ development / positive regulation of smooth muscle cell migration / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of angiogenesis / stem cell differentiation / promoter-specific chromatin binding / response to nutrient levels / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / insulin receptor signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...: / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Forkhead box protein O4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE
データ登録者Weigelt, J. / Climent, I. / Dahlman-Wright, K. / Wikstrom, M.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2000
タイトル: 1H, 13C and 15N Resonance Assignments of the DNA Binding Domain of the Human Forkhead Transcription Factor Afx
著者: Weigelt, J. / Climent, I. / Dahlman-Wright, K. / Wikstrom, M.
履歴
登録2000年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AFX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6121
ポリマ－16,6121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 85LOWEST X-PLOR ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 AFX


分子量: 16611.670 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS & CYTOPLASM / プラスミド: PET15B / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P98177
配列の詳細GLY 58 - PRO 81 IN PDB ENTRY BELONG TO ARTIFICIAL HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: EXPERIMENTAL DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 304 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.85BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST X-PLOR ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 85 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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