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万見
- PDB-1e07: Model of human carcinoembryonic antigen by homology modelling and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 10000000
タイトルModel of human carcinoembryonic antigen by homology modelling and curve-fitting to experimental solution scattering data
要素CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN
キーワードGLYCOPROTEIN / CEA / TUMOUR MARKER / IMMUNOGLOBULIN-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / basolateral plasma membrane ...GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule CEACAM5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液散乱
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A
データ登録者Boehm, M.K. / Perkins, S.J.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2000
タイトル: Structural models for carcinoembryonic antigen and its complex with the single-chain Fv antibody molecule MFE23.
著者: Boehm, M.K. / Perkins, S.J.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of the Anti-(Carcinoembryonic Antigen) Single-Chain Fv Antibody Mfe-23 and a Model for Antigen Binding Based on Intermolecular Contacts.
著者: Boehm, M.K. / Corper, A.L. / Wan, T. / Sohi, M.K. / Sutton, B.J. / Thornton, J.D. / Keep, P.A. / Chester, K.A. / Begent, R.H. / Perkins, S.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Extended Glycoprotein Structure of the Seven Domains in Human Carcinoembryonic Antigen by X-Ray and Neutron Solution Scattering and an Automated Curve Fitting Procedure: Implications for Cellular Adhesion.
著者: Boehm, M.K. / Mayans, M.O. / Thornton, J.D. / Begent, R.H. / Keep, P.A. / Perkins, S.J.
履歴
登録2000年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6211
ポリマ－70,6211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 70620.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P06731
配列の詳細THE CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN PRECURSOR CONTAINS A 34-RESIDUE N-TERMINAL SIGNAL PEPTIDE AND A 26- ...THE CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN PRECURSOR CONTAINS A 34-RESIDUE N-TERMINAL SIGNAL PEPTIDE AND A 26-RESIDUE C-TERMINAL HYDROPHOBIC PEPTIDE, BOTH OF WHICH ARE POST-TRANSLATIONALLY CLEAVED.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: solution scattering

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データ収集

Soln scatter
タイプIDBuffer nameConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Min mean cross sectional radii gyration (nm)Min mean cross sectional radii gyration esd (nm)Num. of time framesProtein lengthSource classSource type温度 (K)
x-ray112 MM NA, K PHOSPHATE, 140 MM NACL1.2-7.0OTOKOQUADRANT DETECTOR80.62.10.21033YESRF BEAMLINE ID02288
neutron212 MM NA, K PHOSPHATE, 140 MM NACL 99.9% D2O3.6-7.3COLETTEHE-3 ORDELA DETECTOR8.80.52.30.3129NISIS RUTHERFORD LOQ288
modelling3

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解析

ソフトウェア名称: DISCOVERY / 分類: 精密化
精密化詳細: ENERGY MINIMIZATION. DETAILS ARE GIVEN IN THE PRIMARY REFERENCE.
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数642 0 0 0 642
Soln scatter model手法: CONSTRAINED SCATTERING FITTING OF HOMOLOGY MODELS
詳細: HUMAN CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN (CEA) CONTAINS SEVEN EXTRACELLULAR IMMUNOGLOBULIN (IG) FOLD DOMAINS. THE N- TERMINAL DOMAIN IS PREDICTED TO HAVE A V-TYPE IG FOLD, AND WAS MODELLED USING THE V- ...詳細: HUMAN CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN (CEA) CONTAINS SEVEN EXTRACELLULAR IMMUNOGLOBULIN (IG) FOLD DOMAINS. THE N- TERMINAL DOMAIN IS PREDICTED TO HAVE A V-TYPE IG FOLD, AND WAS MODELLED USING THE V-TYPE DOMAIN STRUCTURES FROM HUMAN CD2 (CODE: 1HNF), HUMAN CD4 (CODE: 3CD4) AND HUMAN CD8 (CODE: 1CD8) . THE SECOND, FOURTH AND SIXTH DOMAINS (COMMONLY REFERRED TO AS IA, IIA AND IIIA) ARE PREDICTED TO HAVE I-TYPE IG FOLDS, AND WERE MODELLED USING THE I-TYPE DOMAIN STRUCTURE FROM HUMAN VCAM-1 (CODE: 1VCA). THE THIRD, FIFTH AND SEVENTH DOMAINS (COMMONLY REFERRED TO AS IB, IIB AND IIIB) ARE PREDICTED TO HAVE C2-TYPE IG FOLDS, AND WERE MODELLED USING THE C2-TYPE DOMAIN STRUCTURE FROM HUMAN CD2 (CODE: 1HNF). FURTHER DETAILS OF THE HOMOLOGY MODELLING ARE GIVEN IN THE PRIMARY REFERENCE. IN THE COMPLETE CEA MODEL, ALL INTER-DOMAIN ORIENTATIONS BETWEEN NEIGHBOURING DOMAINS ARE BASED ON THAT BETWEEN THE TWO DOMAINS IN HUMAN CD2. SUCH AN ARRANGEMENT OF THE DOMAINS WAS SHOWN TO BE COMPATIBLE WITH THE SOLUTION STRUCTURE OF CEA BY X- RAY AND NEUTRON SCATTERING (SEE REFERENCE TWO).
Entry fitting list: PDB CODE 3CD4, 1CD8 / Num. of conformers submitted: 1 / Software author list: BIOSYM/MSI / Software list: INSIGHT II, HOMOLOGY, SCTPL4, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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