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万見
- PDB-1e02: Porcine Odorant Binding Protein Complexed with undecanal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 100
タイトルPorcine Odorant Binding Protein Complexed with undecanal
要素ODORANT-BINDING PROTEIN
キーワードODORANT BINDING PROTEIN / LIPOCALINS
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UNDECANAL / Odorant-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Vincent, F. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Complexes of Porcine Odorant Binding Protein with Odorant Molecules Belonging to Different Chemical Classes
著者: Vincent, F. / Spinelli, S. / Ramoni, R. / Grolli, S. / Pelosi, P. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
履歴
登録2000年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ODORANT-BINDING PROTEIN
B: ODORANT-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7834
ポリマ－35,4432
非ポリマー3412
水3,639202
1
A: ODORANT-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8922
ポリマ－17,7211
非ポリマー1701
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ODORANT-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8922
ポリマ－17,7211
非ポリマー1701
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.779, 87.914, 92.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.16058, -0.18129, 0.97023), (-0.1754, 0.9621, 0.2088), (-0.97131, -0.20371, 0.1227)
ベクター: -23.94837, 18.5359, 22.07671)

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要素

#1: タンパク質 ODORANT-BINDING PROTEIN / PIG OBP


分子量: 17721.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: NOSE / 組織: OLFACTORY EPITHELIUM / 参照: UniProt: P81245
#2: 化合物 ChemComp-UNA / UNDECANAL / ウンデカナ-ル


分子量: 170.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, AND 5% ISOPROPANOL, pH 7.80
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
22 Mammonium sulfate1reservoir
35 %(v/v)iso-propanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→15 Å / Num. obs: 30761 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 18 Å / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.843位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.15→18 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 100 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: N-TERMINUS FROM RESIDUE 1 TO 8, IN SUBUNIT A AND 1 - 10 IN SUBUNIT B, ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, DUE TO FLEXIBILITY. ALTERNATE POSITIONS ARE PRESENT FOR SIDE CHAIN OF RESIDUES ...詳細: N-TERMINUS FROM RESIDUE 1 TO 8, IN SUBUNIT A AND 1 - 10 IN SUBUNIT B, ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, DUE TO FLEXIBILITY. ALTERNATE POSITIONS ARE PRESENT FOR SIDE CHAIN OF RESIDUES 19A, 39A, 114A. THE ATOMS CONCERNED HAVE OCCUPANCY BETWEEN 0.0 AND 1.0 AND A SEGID AC1 AND AC2 OFTEN, OCCUPANCY VALUES LOWER THAN 1.0 APPEARED TO JUSTIFY BETTER THE ELECTRON DENSITY. FOR THIS REASON WE HAVE KEPT THIS LOW OCCUPANCY FOR SEVERAL SIDE CHAIN ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 870 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 17404 90.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.11 Å20 Å20 Å2
2--3.2 Å20 Å2
3---2.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 24 202 2566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.921.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.582
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.382
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.652.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 --
Rwork0.188 3048 -
obs--97.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROPAR_SE.ODOR
X-RAY DIFFRACTION2XDICT_UND.PARXDICT_UND.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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