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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dxv | |||||||||
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タイトル | HIGH-RESOLUTION X-RAY STUDY OF DEOXY RECOMBINANT HUMAN HEMOGLOBINS SYNTHESIZED FROM BETA-GLOBINS HAVING MUTATED AMINO TERMINI | |||||||||
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![]() | OXYGEN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / platelet aggregation / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Kavanaugh, J.S. / Arnone, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution X-ray study of deoxy recombinant human hemoglobins synthesized from beta-globins having mutated amino termini. 著者: Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A. #1: ![]() タイトル: Functional Properties of Human Hemoglobins Synthesized from Recombinant Mutant Beta-Globins 著者: Doyle, M.L. / Lew, G. / Deyoung, A. / Kwiatkowski, L. / Wierzbra, A. / Noble, R.W. / Ackers, G.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.949218, 0.312922, -0.029915), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15862.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: microdialysis | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 1.9 Å / Num. obs: 48575 / % possible obs: 85 % / Num. measured all: 341064 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.7→6 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 46100 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |