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- PDB-1dxf: 2-dehydro-3-deoxy-galactarate aldolase from Escherichia coli in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dxf
タイトル2-dehydro-3-deoxy-galactarate aldolase from Escherichia coli in complex with pyruvate
要素2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE
キーワードCLASS II ALDOLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase activity / glucarate catabolic process / galactarate catabolic process / carbon-carbon lyase activity / D-glucarate catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / aldehyde-lyase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5-keto-4-deoxy-D-glucarate aldolase / : / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / 5-keto-4-deoxy-D-glucarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Izard, T. / Blackwell, N.C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structures of the Metal-Dependent 2-Dehydro-3-Deoxy-Galactarate Aldolase Suggest a Novel Reaction Mechanism.
著者: Izard, T. / Blackwell, N.C.
履歴
登録2000年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2346
ポリマ－55,0102
非ポリマー2254
水4,396244
1
A: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,70318
ポリマ－165,0296
非ポリマー67412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area24650 Å2
ΔGint-185.7 kcal/mol
Surface area58520 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.400, 126.400, 172.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9978, 0.0665, -0.0017), (0.0665, -0.9978, 0.0012), (-0.0016, -0.0013, -1)
ベクター: -2.2863, 68.6841, 21.1827)
詳細BIOLOGICAL_UNIT: HEXAMER

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要素

#1: タンパク質 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE


分子量: 27504.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P23522, 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Blackwell, N.C., (1999) Acta Crystallogr., D55, 1368.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mMpotassium phosphate1drop
25 mMmagnesium sulfate1drop
37 mg/mlenzyme1drop
44 %PEG30001reservoir
50.2 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 232660 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14.2
反射
*PLUS
Num. obs: 16162 / Num. measured all: 232660
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.7 % / Rmerge(I) obs: 0.167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 754 4.9 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 15344 93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.9921 Å2 / ksol: 0.36617 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.19 Å23.78 Å20 Å2
2---3.19 Å20 Å2
3---6.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 14 244 4080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.952.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 98 4.7 %
Rwork0.24 1984 -
obs--76.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4PYR.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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