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- PDB-1dxc: CO complex of Myoglobin Mb-YQR at 100K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dxc
タイトルCO complex of Myoglobin Mb-YQR at 100K
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE / CO COMPLEX / RESPIRATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種PHYSETER CATODON (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Brunori, M. / Vallone, B. / Cutruzzola, F. / Travaglini-Allocatelli, C. / Berendzen, J. / Chu, K. / Sweet, R.M. / Schlichting, I.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The Role of Cavities in Protein Dynamics: Crystal Structure of a Novel Photolytic Intermediate of Myoglobin
著者: Brunori, M. / Vallone, B. / Cutruzzola, F. / Travaglini-Allocatelli, C. / Berendzen, J. / Chu, K. / Sweet, R.M. / Schlichting, I.
#1: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1999
タイトル: Structural Dynamics of Liganddiffusion in the Protein Matrix: A Study on a New Myoglobin Mutant Y (B10) Q(E7) R(E10)
著者: Brunori, M. / Cutruzzola, F. / Savino, C. / Travaglini-Allocatelli, C. / Vallone, B. / Gibson, Q.H.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Photolysed Carbonmonoxy-Myoglobin
著者: Schlichting, I. / Berendzen, J. / Juniorsweet, R.M.G.N.P.
#3: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of Myoglobin from a Synthetic Gene
著者: Juniorarduini, R.M.G.N.P. / Springer, B.A. / Sligar, S.G.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987
タイトル: High-Level Expression of Sperm Whale Myoglobin in Escherichia Coli
著者: Springer, B.A. / Sligar, S.G.
履歴
登録2000年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年11月27日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3946
ポリマ－17,4611
非ポリマー9335
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.610, 90.610, 45.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-315-

SO4

詳細IN THIS SPACE GROUP THERE IS A STRONG 3 -FOLD CRYSTAL PACKINGOF THE MYOGLOBIN MOLECULE INVOLVING SYMMETRY OPERATIONS,(X,Y,Z), (1.0-X+ Y,1.0-X,Z), AND (1.0-Y,X-Y,Z). THE SO4MOLECULE 315A SITS CLOSE TO THE 3-FOLD AXIS.

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 17461.250 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEME BOUND TO HIS-93, CO BOUND TO HEME IRON
由来: (組換発現) PHYSETER CATODON (マッコウクジラ)
解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CO IS ATTACHED TO HEME IRON ATOM WHICH IS COORDINATED BY HIS 93A FROM THE MYOGLOBIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化pH: 9
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 3.6 M AMMONIUM SULFATE.CRYSTALS WERE SOAKED FOR C.A. 1 HOUR IN A THOROUGHLY DEGASSED AND CO SATURATED CRYOPROTECTANT SOLUTION MADE BY ADDITION OF 100 MG XYLITOL, ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 3.6 M AMMONIUM SULFATE.CRYSTALS WERE SOAKED FOR C.A. 1 HOUR IN A THOROUGHLY DEGASSED AND CO SATURATED CRYOPROTECTANT SOLUTION MADE BY ADDITION OF 100 MG XYLITOL, 100 MG GLUCOSE AND 8 MG NA-DITHIONATE TO 1 ML OF 70% SATURATED AMMONIUM SULFATE WITH 50 MM TRIS.HCL PH 9.0. DISTINCT COLOR CHANGES INDICATED THE FORMATION OF CO-MB FROM MET-MB.
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 8.7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 mMprotein1drop
22.7 Mammonium sulfate1reservoir
320 mMTris-HCl1reservoir
41 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.91
検出器タイプ: PRINCETON SCIENTIFIC / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→19.6 Å / Num. obs: 40518 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.125 / % possible all: 91.4
反射
*PLUS
最低解像度: 19.6 Å / Num. obs: 40518 / % possible obs: 96.5 % / Num. measured all: 143218 / Rmerge(I) obs: 0.036
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.4 % / Num. unique obs: 7138 / Num. measured obs: 15373 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 5.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→19.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.15312 -5 %
Rwork0.12845 --
obs-40518 96.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1231 0 60 258 1549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.545
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 19.6 Å / Rfactor obs: 0.129 / Rfactor Rfree: 0.153 / Rfactor Rwork: 0.12845
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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