PDB-1dw4: NMR STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN MVIIA: CONSTRAINTS ON DISULPHIDE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dw4

タイトル

NMR STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN MVIIA: CONSTRAINTS ON DISULPHIDE BRIDGES

要素

OMEGA-CONOTOXIN MVIIA

キーワード

TOXIN / CONOTOXIN / CALCIUM CHANNEL / CONFORMATIONAL EXCHANGE

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Atkinson, R.A. / Kieffer, B. / Dejaegere, A. / Sirockin, F. / Lefevre, J.-F.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural and dynamic characterization of omega-conotoxin MVIIA: the binding loop exhibits slow conformational exchange.
著者: Atkinson, R.A. / Kieffer, B. / Dejaegere, A. / Sirockin, F. / Lefevre, J.F.

履歴

登録	2000年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dw4.cif.gz	195.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dw4.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dw4_validation.pdf.gz	339.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dw4_full_validation.pdf.gz	539.2 KB	表示
XML形式データ	1dw4_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	1dw4_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/1dw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/1dw4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dw5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ter-d 105d-d 1omn-d 1j5l-d 2km9-d 4qxx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OMEGA-CONOTOXIN MVIIA

2.65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	32 / 500	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	OMEGA-CONOTOXIN MVIIA 分子量: 2650.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of this peptide naturally occurs in Conus magus (Magus cone) 参照: UniProt: P05484

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D COSY
1	3	1	2D HOHAHA
1	4	1	2D 13C-1H HSQC

NMR実験の詳細

Text: temperature dependence of chemcial shifts, NH exchange into D2O, relaxation measurements at 500 and 600 MHz

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1	H2O (10% D2O)
2	1	D2O

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 283 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	1.2	Bruker	collection
Felix	2.1	D. Hare	解析
X-PLOR	3.1	A. Bruenger	構造決定
X-PLOR	3.1	A. Bruenger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: substructure embedding by distance geometry, simulated annealing regularisation of full structure, simulated annealing refinement

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 32

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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