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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dvr | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A MUTANT ADENYLATE KINASE LIGATED WITH AN ATP-ANALOGUE SHOWING DOMAIN CLOSURE OVER ATP | ||||||
![]() | ADENYLATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE / MYOKINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleotide metabolic process / DNA replication initiation / ATP metabolic process / mitochondrial intermembrane space / phosphorylation ...AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleotide metabolic process / DNA replication initiation / ATP metabolic process / mitochondrial intermembrane space / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Schlauderer, G.J. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a mutant adenylate kinase ligated with an ATP-analogue showing domain closure over ATP. 著者: Schlauderer, G.J. / Proba, K. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Stability, Activity and Structure of Adenylate Kinase Mutants 著者: Spuergin, P. / Abele, U. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: High-Resolution Structures of Adenylate Kinase from Yeast Ligated with Inhibitor Ap5A, Showing the Pathway of Phosphoryl Transfer 著者: Abele, U. / Schulz, G.E. #3: ![]() タイトル: Movie of the Structural Changes During a Catalytic Cycle of Nucleoside Monophosphate Kinases 著者: Vonrhein, C. / Schlauderer, G.J. / Schulz, G.E. #4: ![]() タイトル: The C-DNA Sequence Encoding Cytosolic Adenylate Kinase from Baker'S Yeast (Saccharomyces Cerevisiae) 著者: Proba, K. / Tomasselli, A.G. / Nielsen, P. / Schulz, G.E. #5: ![]() タイトル: Structure of the Complex of Yeast Adenylate Kinase with the Inhibitor Ap5A at 2.6 Angstroms Resolution 著者: Egner, U. / Tomasselli, A.G. / Schulz, G.E. #6: ![]() タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Adenylate Kinase from Baker'S Yeast 著者: Tomasselli, A.G. / Mast, E. / Janes, W. / Schiltz, E. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE HELIX AND SHEET ASSIGNMENTS BELOW ARE AUTOMATIC WITH PROGRAM DSSP. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 994.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1005 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 92 / 2: CIS PROLINE - PRO B 92 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.489945, -0.809503, -0.323511), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24008.525 Da / 分子数: 2 / 変異: D89V, R165I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞内の位置: CYTOSOL / プラスミド: PUAKYI / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→10 Å / Num. obs: 15793 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.058 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.36→10 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES SER 166 - ASN 169 IN CHAIN HAVE WEAK DENSITY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |