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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dvj | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF OROTIDINE MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE COMPLEXED WITH 6-AZAUMP | ||||||
要素 | OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE | ||||||
キーワード | LYASE / TIM barrel / dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, N. / Mo, Y. / Gao, J. / Pai, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Electrostatic stress in catalysis: structure and mechanism of the enzyme orotidine monophosphate decarboxylase. 著者: Wu, N. / Mo, Y. / Gao, J. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dvj.cif.gz | 197.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dvj.ent.gz | 156.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dvj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dvj_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dvj_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1dvj_validation.xml.gz | 42.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dvj_validation.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/1dvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/1dvj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26664.648 Da / 分子数: 4 変異: R101P, EXTRA C-TERMINAL RESIDUES FROM THE CLONING VECTOR: EDPAANKARKEAELAAATA 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | ChemComp-UP6 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: trisodium citrate, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: unpublished data |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / タイプ: APS / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 156498 / Num. obs: 156498 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Num. unique all: 20522 / % possible all: 87.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1127371 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 478030.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.3 Å2 / ksol: 0.3927 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.229 / % reflection Rfree: 3.1 % / Rfactor Rwork: 0.21 |