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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dv4 | ||||||||||||
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タイトル | PARTIAL STRUCTURE OF 16S RNA OF THE SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUS THERMOPHILUS | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / RIBOSOMES / 30S / THERMUS THERMOPHILUS / 16S RNA | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Tocilj, A. / Schlunzen, F. / Janell, D. / Gluhmann, M. / Hansen, H. / Harms, J. / Bashan, A. / Bartels, H. / Agmon, I. / Franceschi, F. / Yonath, A. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: The small ribosomal subunit from Thermus thermophilus at 4.5 A resolution: pattern fittings and the identification of a functional site. 著者: Tocilj, A. / Schlunzen, F. / Janell, D. / Gluhmann, M. / Hansen, H.A. / Harms, J. / Bashan, A. / Bartels, H. / Agmon, I. / Franceschi, F. / Yonath, A. #1: ![]() タイトル: The structure of ribosomal protein-S5 reveals sites of interaction with 16S ribosomal-RNA 著者: Ramakrishnan, V. / White, S. #2: ![]() タイトル: The structure of ribosomal protein S7 at 1.9 angstrom resolution reveals a beta-hairpin motif that binds double-stranded nucleic acids 著者: Wimberly, B.T. / White, S. / Ramakrishnan, V. #3: ![]() タイトル: The structure of the 9(18)-heteropoly anion in potassium 9(18)-tungstophosphate, K6(P2W18O62).14H2O 著者: Dawson, B. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 480.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 488.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 70941.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15240.724 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 4-148 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P02357 |
#3: タンパク質 | 分子量: 15342.846 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 12-146 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-WO2 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | 解説: diffraction data were collected during years 1987-2000. |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Yonath, A., (1988) J. Mol. Biol., 203, 831. |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 4.5→257 Å / Num. all: 85991 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): -2.5 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 12.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 最高解像度: 4.5 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 91.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 85991 / % possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.108 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: Structure was traced manually and no refinement was carried out. Positioning of ribosomal proteins is tentative. The crystallographically determined structure of an 18 W atom cluster (ref. 3) ...詳細: Structure was traced manually and no refinement was carried out. Positioning of ribosomal proteins is tentative. The crystallographically determined structure of an 18 W atom cluster (ref. 3) that belongs to the Wative particle was placed around its center of mass in an arbitrary orientation in order to indicate its volume. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→30 Å
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |