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万見
- PDB-1dv4: PARTIAL STRUCTURE OF 16S RNA OF THE SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dv4
タイトルPARTIAL STRUCTURE OF 16S RNA OF THE SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUS THERMOPHILUS
要素
  • 16S RIBOSOMAL RNA
  • RIBOSOMAL PROTEIN S5
  • RIBOSOMAL PROTEIN S7
キーワードRIBOSOME / RIBOSOMES / 30S / THERMUS THERMOPHILUS / 16S RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal ...Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Tocilj, A. / Schlunzen, F. / Janell, D. / Gluhmann, M. / Hansen, H. / Harms, J. / Bashan, A. / Bartels, H. / Agmon, I. / Franceschi, F. / Yonath, A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: The small ribosomal subunit from Thermus thermophilus at 4.5 A resolution: pattern fittings and the identification of a functional site.
著者: Tocilj, A. / Schlunzen, F. / Janell, D. / Gluhmann, M. / Hansen, H.A. / Harms, J. / Bashan, A. / Bartels, H. / Agmon, I. / Franceschi, F. / Yonath, A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: The structure of ribosomal protein-S5 reveals sites of interaction with 16S ribosomal-RNA
著者: Ramakrishnan, V. / White, S.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The structure of ribosomal protein S7 at 1.9 angstrom resolution reveals a beta-hairpin motif that binds double-stranded nucleic acids
著者: Wimberly, B.T. / White, S. / Ramakrishnan, V.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. / 年: 1953
タイトル: The structure of the 9(18)-heteropoly anion in potassium 9(18)-tungstophosphate, K6(P2W18O62).14H2O
著者: Dawson, B.
履歴
登録2000年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2000年2月2日ID: 1C59
改定 1.02000年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity_poly / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S RIBOSOMAL RNA
E: RIBOSOMAL PROTEIN S5
G: RIBOSOMAL PROTEIN S7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8884
ポリマ－101,5253
非ポリマー4,3631
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)407.100, 407.100, 176.008
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 70941.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#2: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S5 / BS5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15240.724 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 4-148 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: P02357
#3: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15342.846 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 12-146 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291
#4: 化合物 ChemComp-WO2 / OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE


分子量: 4363.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O62P2W18

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: diffraction data were collected during years 1987-2000.
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Yonath, A., (1988) J. Mol. Biol., 203, 831.

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
31
41
51
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B10.850, 1.300
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW620.850, 1.300
シンクロトロンCHESS F130.850, 1.300
シンクロトロンAPS 19-ID40.850, 1.300
シンクロトロンESRF ID250.850, 1.300
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.851
21.31
反射解像度: 4.5→257 Å / Num. all: 85991 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): -2.5 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 12.5
反射 シェル最高解像度: 4.5 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 91.1
反射
*PLUS
Num. obs: 85991 / % possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.5→30 Å / Num. reflection all: 85991 / Num. reflection obs: 85991 / σ(I): 0
詳細: Structure was traced manually and no refinement was carried out. Positioning of ribosomal proteins is tentative. The crystallographically determined structure of an 18 W atom cluster (ref. 3) ...詳細: Structure was traced manually and no refinement was carried out. Positioning of ribosomal proteins is tentative. The crystallographically determined structure of an 18 W atom cluster (ref. 3) that belongs to the Wative particle was placed around its center of mass in an arbitrary orientation in order to indicate its volume.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数280 3594 82 0 3956
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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