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- PDB-1dup: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDO HYDROLASE (D-UTPASE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dup
タイトルDEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDO HYDROLASE (D-UTPASE)
要素DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / NUCLEOTIDE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / protein homotrimerization / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Larsson, G. / Nyman, P.O. / Cedergren, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of a dUTPase.
著者: Cedergren-Zeppezauer, E.S. / Larsson, G. / Nyman, P.O. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
履歴
登録1995年9月1日処理サイト: BNL
改定 1.01995年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3031
ポリマ－16,3031
非ポリマー00
水2,216123
1
A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE

A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE

A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9083
ポリマ－48,9083
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area9890 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.610, 86.610, 62.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-188-

HOH

21A-231-

HOH

詳細THE STRUCTURE IS BUILT-UP OF TIGHT TRIMERS AROUND THE CRYSTALLOGRAPHIC THREE-FOLD AXIS. MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 1 .. A 136 1 .. 136 M2 A 1 .. A 136 1 .. 136 THESE TRANSFORMATIONS WILL YIELD THE COORDINATES FOR THE TWO OTHER SUBUNITS OF THE TRIMER.

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要素

#1: タンパク質 DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE / D-UTPASE


分子量: 16302.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: S2 / 参照: UniProt: P06968, dUTP diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SECONDARY STRUCTURE BOUNDARIES HAVE BEEN DETERMINED USING SS PROGRAM (V.S.LAMZIN, EMBL HAMBURG) AS ...SECONDARY STRUCTURE BOUNDARIES HAVE BEEN DETERMINED USING SS PROGRAM (V.S.LAMZIN, EMBL HAMBURG) AS DESCRIBED IN V.S.LAMZIN,Z.DAUTER,V.O.POPOV,E.H.HARUTYUNYAN,K.S.WILSON J.MOL.BIOL. (1994) V.236, 759-785 STRAND 2 IN SHEET S2 IS SPLIT INTO S2A (GLY 114 - ILE 117).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.2 / 手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
20.05 M11MgCl2
30.45 Mpyrophosphate11
1PEG800011
4succinate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 13640 / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
PROLSQ精密化
精密化解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
obs0.15 13597 98.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1027 0 0 123 1150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0440.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0470.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.43
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.64
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.85
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.180.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1860.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2630.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1940.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.83
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor31.720
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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