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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1duh | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSERVED DOMAIN IV OF E. COLI 4.5S RNA | ||||||
要素 | 4.5S RNA DOMAIN IV | ||||||
キーワード | RNA / 4.5S RNA / DOMAIN IV / HELIX 8 / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / SRP / FFH / SRP54 / ELONGATION FACTOR G / EF-G / 23S RNA / NON-CANONICAL BASE PAIRS / MISMATCH | ||||||
機能・相同性 | : / : / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Jovine, L. / Hainzl, T. / Oubridge, C. / Scott, W.G. / Li, J. / Sixma, T.K. / Wonacott, A. / Skarzynski, T. / Nagai, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of the ffh and EF-G binding sites in the conserved domain IV of Escherichia coli 4.5S RNA. 著者: Jovine, L. / Hainzl, T. / Oubridge, C. / Scott, W.G. / Li, J. / Sixma, T.K. / Wonacott, A. / Skarzynski, T. / Nagai, K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the conserved domain IV of E. coli 4.5S RNA 著者: Jovine, L. / Hainzl, T. / Oubridge, C. / Nagai, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1duh.cif.gz | 38.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1duh.ent.gz | 25 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1duh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1duh_validation.pdf.gz | 410.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1duh_full_validation.pdf.gz | 411.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1duh_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1duh_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1duh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1duh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 14663.736 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN IV / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA SEQUENCE TAKEN FROM ESCHERICHIA COLI 4.5S RNA. THE RNA WAS PRODUCED BY T7 RNA POLYMERASE IN VITRO TRANSCRIPTION USING RIBOZYME TECHNOLOGY 参照: EMBL: X01074 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-LU / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: CRYSTALLIZED FROM 1.60-1.90 M (NH4)2SO4, 0.09 M MAGNESIUM ACETATE, 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0, AT 303 K. CRYSTALS WERE STABILISED AT 292 K IN A SOLUTION OF 2.20 M (NH4)2SO4, 0.01 M ...詳細: CRYSTALLIZED FROM 1.60-1.90 M (NH4)2SO4, 0.09 M MAGNESIUM ACETATE, 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0, AT 303 K. CRYSTALS WERE STABILISED AT 292 K IN A SOLUTION OF 2.20 M (NH4)2SO4, 0.01 M MGCL2, 0.05 M BIS-TRIS-HCL PH 6.0. SOAK CONDITIONS: CRYSTALS WERE SOAKED IN STABILISATION SOLUTION CONTAINING 0.002 M LUTETIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE. CRYOPROTECTION CONDITIONS: AFTER ADDITION OF 20% GLYCEROL (W/V) TO THE SOAK SOLUTION, CRYSTALS WERE FLASH-FROZEN IN LIQUID NITROGEN., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303.15K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0302, 1.3366, 1.3369, 0.9968, 1.3359 | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月1日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.7→22.5 Å / Num. all: 12371 / Num. obs: 12371 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 100.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 154595 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→22.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1101782.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL. 詳細: A LOW RESOLUTION LIMIT OF 8.0 A WAS USED FOR INITIAL B FACTOR AND BULK SOLVENT CORRECTIONS. NUCLEOTIDE A39 WAS REFINED WITH OCCUPANCY OF 0.5 TO ACCOUNT FOR ITS ALTERNATIVELY ORDERED AND ...詳細: A LOW RESOLUTION LIMIT OF 8.0 A WAS USED FOR INITIAL B FACTOR AND BULK SOLVENT CORRECTIONS. NUCLEOTIDE A39 WAS REFINED WITH OCCUPANCY OF 0.5 TO ACCOUNT FOR ITS ALTERNATIVELY ORDERED AND DISORDERED CONFORMATION IN ADJACENT MOLECULES WITHIN THE CRYSTAL. THE APPARENT DISCREPANCY BETWEEN DATA COMPLETENESS IN SCALING AND REFINEMENT IS DUE TO THE VERY HIGH ANISOTROPY OF THE CRYSTAL DIFFRACTION, SO THAT, ALTHOUGH DATA COVERAGE WAS COMPLETE UP TO 2.70 A RESOLUTION, A SIGNIFICANT PROPORTION OF REFLECTIONS AT HIGH RESOLUTION WERE EXTINCT. THIS RESULTS IN THE HIGH R SYM IN THE OUTER SHELL, AND THE LOWER EFFECTIVE DATA COMPLETENESS DURING REFINEMENT (EXTINCT REFLECTIONS WERE OMITTED BY CNS).
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.81 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→22.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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