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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dtu | ||||||||||||
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タイトル | BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE: A MUTANT Y89D/S146P COMPLEXED TO AN HEXASACCHARIDE INHIBITOR | ||||||||||||
![]() | PROTEIN (CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE) | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / ALPHA-AMYLASE / ACARBOSE / INHIBITOR COMPLEX / FAMILY 13 GLYCOSYL HYDROLASE / MUTANT / PRODUCT SPECIFICITY / CYCLODEXTRIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Uitdehaag, J.C.M. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Rational design of cyclodextrin glycosyltransferase from Bacillus circulans strain 251 to increase alpha-cyclodextrin production. 著者: van der Veen, B.A. / Uitdehaag, J.C. / Penninga, D. / van Alebeek, G.J. / Smith, L.M. / Dijkstra, B.W. / Dijkhuizen, L. #1: ![]() タイトル: Engineering of Cyclodextrin Product Specificity and pH Optima of the Thermostable Cyclodextrin Glycosyltransferase from Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes EM1 著者: Wind, R.D. / Uitdehaag, J.C.M. / Buitelaar, R.M. / Dijkstra, B.W. / Dijkhuizen, L. #2: ![]() タイトル: Structure of Cyclodextrin Glycosyltransferase Complexed with a Maltononaose Inhibitor at 2.6 Angstrom Resolution. Implications for Product Specificity 著者: Strokopytov, B. / Knegtel, R.M. / Penninga, D. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. #3: ![]() タイトル: Site Directed Mutagenesis in Tyrosine 195 of Cyclodextrin Glycosyltransferase from Bacillus circulans Strain 251 Affect Activity and Product Specificity 著者: Penninga, D. / Strokopytov, B. / Rozeboom, H.J. / Lawson, C.L. / Dijkstra, B.W. / Bergsma, J. / Dijkhuizen, L. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1cxg S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 74537.430 Da / 分子数: 1 / 変異: Y89D, S146P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P43379, cyclomaltodextrin glucanotransferase |
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-糖 , 4種, 5分子
#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose | ||
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#3: 多糖 | alpha-D-quinovopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose | ||
#4: 多糖 | #5: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | |
-非ポリマー , 3種, 276分子 




#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ADH / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 60 % MPD, 100 MM TRIS PH 7.1, 5% (w/v) maltose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→28.86 Å / Num. all: 35279 / Num. obs: 32700 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0747 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Num. unique all: 1574 / % possible all: 88.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 126519 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1CXG ![]() 1cxg 解像度: 2.4→8 Å / Isotropic thermal model: TNT STANDARD LIBRARY / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: TNT STANDARD LIBRARY (pre-PRIESTLE VERSION) 詳細: Stereochemistry targets in general correspond to Engh&Huber The electron density imposes non-ideal stereochemistry of the C1-N1 bond and C5 coordination of acarviosine in subsite -1. This ...詳細: Stereochemistry targets in general correspond to Engh&Huber The electron density imposes non-ideal stereochemistry of the C1-N1 bond and C5 coordination of acarviosine in subsite -1. This might reflect presence of multiple chemical species. The resolution is too low to resolve this. The side-chain of residue Arg 47 was modelled in 2 conformations with 50% occupancy each.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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