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- PDB-1dtm: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SPERM-WHALE MYOGLOBIN MUTANT H93G COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dtm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SPERM-WHALE MYOGLOBIN MUTANT H93G COMPLEXED WITH 4-METHYLIMIDAZOLE, METAQUO FORM
要素RECOMBINANT SPERM WHALE MYOGLOBIN VARIANT H93G
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Heme protein / Myoglobin / ligand-substitution / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-METHYLIMIDAZOLE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Barrick, D. / Dahlquist, F.W.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Trans-substitution of the proximal hydrogen bond in myoglobin: I. Structural consequences of hydrogen bond deletion.
著者: Barrick, D. / Dahlquist, F.W.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Trans-substitution of the proximal hydrogen bond in myoglobin: II. Energetics, functional consequences, and implications for hemoglobin allostery
著者: Barrick, D.
履歴
登録2000年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RECOMBINANT SPERM WHALE MYOGLOBIN VARIANT H93G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8523
ポリマ－17,1541
非ポリマー6992
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.276, 48.892, 78.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RECOMBINANT SPERM WHALE MYOGLOBIN VARIANT H93G


分子量: 17153.857 Da / 分子数: 1 / 変異: H93G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
プラスミド: PMB413B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-4MZ / 4-METHYLIMIDAZOLE / 4-メチル-1H-イミダゾ-ル


分子量: 82.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N2
詳細: 4-methylimidazole from Aldrich Chemical Company (Cat # 19,988-5). 4-methylimidazole substituted for imidazole by extensive buffer exchange using spin-columns equilibrated with 0.1 M 4-methylimidazole.
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35 % PEG 8000, 0.3-0.35 M NaOAc, 0.1 M PIPES, and 0.1 % dioxane, 0.1 M 4-methylimidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
Temp details: Room temperature
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 %Mb solution1drop
235-37.5 %PEG80001reservoir
30.3-0.35 M1reservoirNaOAc
40.1 MPIPES1reservoir
50.1 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→20 Å / Num. all: 7356 / Num. obs: 7356 / % possible obs: 78.9 % / 冗長度: 2.63 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 12.54
反射 シェル解像度: 2.13→2.298 Å / 冗長度: 1.51 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Num. unique all: 853 / % possible all: 49
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 49 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
TNT位相決定
精密化解像度: 2.13→20 Å
立体化学のターゲット値: Bond length rmsd 0.02 angstroms, Bond angle 3.0 degrees, B-correlation 6 square angstroms, Trigonal planarity 0.02, Planar groups 0.02
詳細: 4-methyl imidazole built into an omit map in the proximal pocket after extensive all-atom refinement of the protein and heme
Rfactor反射数%反射
all0.175 7356 -
obs0.175 7356 79 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1176 0 49 15 1240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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