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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dsb | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DSBA PROTEIN REQUIRED FOR DISULPHIDE BOND FORMATION IN VIVO | ||||||
要素 | DSBA | ||||||
キーワード | DISULFIDE OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Martin, J.L. / Bardwell, J.C.A. / Kuriyan, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of the DsbA protein required for disulphide bond formation in vivo. 著者: Martin, J.L. / Bardwell, J.C. / Kuriyan, J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallization of Dsba, an Escherichia Coli Protein Required for Disulphide Bond Formation in Vivo 著者: Martin, J.L. / Waksman, G. / Bardwell, J.C.A. / Beckwith, J. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX HELIX A1' IS SEPARATED FROM A1 BY A THREE RESIDUE LOOP. HELIX B1' IS SEPARATED FROM B1 BY A ...HELIX HELIX A1' IS SEPARATED FROM A1 BY A THREE RESIDUE LOOP. HELIX B1' IS SEPARATED FROM B1 BY A THREE RESIDUE LOOP. HELIX A3 IS KINKED BY PRO A 91 AND HELIX B3 BY PRO B 91. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dsb.cif.gz | 86.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dsb.ent.gz | 66.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dsb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dsb_validation.pdf.gz | 368.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dsb_full_validation.pdf.gz | 371.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dsb_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dsb_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 151 / 2: CIS PROLINE - PRO B 151 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24991, UniProt: P0AEG4*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Martin, J.L., (1993) J.Mol.Biol., 230, 1097. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.169 / Rfactor obs: 0.169 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 25426 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.61 |