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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dru | ||||||
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タイトル | ESCHERICHIA COLI DHPR/NADH COMPLEX | ||||||
![]() | DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / amino acid biosynthetic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reddy, S.G. / Scapin, G. / Blanchard, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interaction of pyridine nucleotide substrates with Escherichia coli dihydrodipicolinate reductase: thermodynamic and structural analysis of binary complexes. 著者: Reddy, S.G. / Scapin, G. / Blanchard, J.S. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Escherichia Coli Dihydrodipicolinate Reductase 著者: Scapin, G. / Blanchard, J.S. / Sacchettini, J.C. #2: ![]() タイトル: Expression, Purification, and Characterization of Escherichia Coli Dihydrodipicolinate Reductase 著者: Reddy, S.G. / Sacchettini, J.C. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28793.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Scapin, G., (1995) Biochemistry, 34, 3502. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年9月25日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 19014 / % possible obs: 77.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.54 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 39.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.076 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: DHPR-NADPH 解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL.DAT / σ(F): 2 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER MODIFIED FOR TNT
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溶媒の処理 | Bsol: 693.6 Å2 / ksol: 1.22 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 14276 / Rfactor all: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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