PDB-1dr0: STRUCTURE OF MODIFIED 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE AT THE C-TE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dr0

タイトル

STRUCTURE OF MODIFIED 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE AT THE C-TERMINUS, HD708

要素

3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / minor groove / paperclip motion

機能・相同性

機能・相同性情報

3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Nurachman, Z. / Akanuma, S. / Sato, T. / Oshima, T. / Tanaka, N.

引用

ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of 3-isopropylmalate dehydrogenases with mutations at the C-terminus: crystallographic analyses of structure-stability relationships.
著者: Nurachman, Z. / Akanuma, S. / Sato, T. / Oshima, T. / Tanaka, N.

履歴

登録	2000年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dr0.cif.gz	139.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dr0.ent.gz	110.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dr0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dr0_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dr0_full_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示
XML形式データ	1dr0_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	1dr0_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/1dr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/1dr0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dpzC 1dr8C 1osjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y40-d 1xab-1 1xad-1 2ztw-1 1osi-2 1g2u-1 1dr8-d 1xaa-1 1hex-1 2v4b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

B: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.620, 84.310, 72.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological assembly is a homodimer from chain A and chain B

#1: タンパク質	3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / IPMDH / IMDH 分子量: 36817.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: LEUB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SIY4, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / IPMDH / IMDH

分子量: 36817.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: LEUB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SIY4, 3-isopropylmalate dehydrogenase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PEG 400, sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

結晶化

*PLUS

温度: 25 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	5-7.5 mg/ml	protein	1	drop
2	0.05 M	sodium acetate	1	drop
3	20 %(v/v)	PEG400	1	drop
4	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir
5	40 %(v/v)	PEG400	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→54.2 Å / Num. all: 62714 / Num. obs: 39276 / % possible obs: 64.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.047
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.78 Å / 最低解像度: 1.86 Å / % possible obs: 64.5 % / Num. unique obs: 332 / R_merge(I) obs*: 0.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR		モデル構築
X-PLOR	(ONLINE) 98.1	精密化
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: IPMDH A171L (PDB 1OSJ)

1osj

解像度: 2.2→7.99 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 7949325.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber, 1991

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.308	2765	10 %	RANDOM
R_work	0.249	-	-	-
obs	0.249	27745	85.6 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 86.36 Å² / k_sol: 0.494 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.42 Å	0.34 Å
Luzzati d res low	-	8 Å
Luzzati sigma a	0.39 Å	0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5188	0	0	143	5331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	28.9
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	17.16
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.61	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.62	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	25.43	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	24.12	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.33 Å / R_factor R_free error: 0.018 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	381	9.9 %
R_work	0.307	3468	-
obs	-	-	71.6 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	3		PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	4		PROTEIN.LINK
X-RAY DIFFRACTION	5		WATER_REP.PARAM

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 98.1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 27758

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	28.9
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	17.16
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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