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- PDB-1dqv: CRYSTAL STRUCTURE OF SYNAPTOTAGMIN III C2A/C2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dqv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SYNAPTOTAGMIN III C2A/C2B
要素SYNAPTOTAGMIN III
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / beta sandwich / calcium ion / C2 domain / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of vesicle fusion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / exocytic vesicle / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / clathrin binding / transport vesicle membrane ...positive regulation of vesicle fusion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / exocytic vesicle / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / clathrin binding / transport vesicle membrane / phosphatidylserine binding / synaptic vesicle exocytosis / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / synaptic membrane / response to calcium ion / presynapse / chemical synaptic transmission / cell differentiation / postsynapse / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sutton, R.B. / Ernst, J.A. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the cytosolic C2A-C2B domains of synaptotagmin III. Implications for Ca(+2)-independent snare complex interaction.
著者: Sutton, R.B. / Ernst, J.A. / Brunger, A.T.
履歴
登録2000年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNAPTOTAGMIN III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4476
ポリマ－33,2541
非ポリマー1935
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: SYNAPTOTAGMIN III
ヘテロ分子

A: SYNAPTOTAGMIN III
ヘテロ分子

A: SYNAPTOTAGMIN III
ヘテロ分子

A: SYNAPTOTAGMIN III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,78924
ポリマ－133,0164
非ポリマー77320
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area9750 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area53210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.959, 125.959, 118.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細The biological assembly is one C2A domain and one C2B domain

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要素

#1: タンパク質 SYNAPTOTAGMIN III


分子量: 33253.914 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A/C2B / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SOLUBLE PORTION
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
器官: BRAIN / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40748
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 11

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Magnesium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
21.5 M1reservoirMgCl2
3100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 61080 / Num. obs: 9578 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: -1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.785 / Num. unique all: 929 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 61080
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 3.2→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: used maximum likelihood/experiment phase set target function
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3485 1564 -random
Rwork0.293 ---
all0.293 16371 --
obs0.293 16371 94.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2186 0 9 0 2195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0084
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.349
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.62
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 3.45 Å / Rfactor Rfree: 0.344 / Rfactor Rwork: 0.302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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