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- PDB-1dql: CRYSTAL STRUCTURE OF AN UNLIGANDED (NATIVE) FV FROM A HUMAN IGM A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dql
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN UNLIGANDED (NATIVE) FV FROM A HUMAN IGM ANTI-PEPTIDE ANTIBODY
要素(IGM MEZ IMMUNOGLOBULIN) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN FOLD / ANTIBODY / IgM / Fv
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ramsland, P.A. / Shan, L. / Moomaw, C.R. / Slaughter, C.A. / Guddat, L.W. / Edmundson, A.B.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2000
タイトル: An unusual human IgM antibody with a protruding HCDR3 and high avidity for its peptide ligands.
著者: Ramsland, P.A. / Shan, L. / Moomaw, C.R. / Slaughter, C.A. / Fan, Z. / Guddat, L.W. / Edmundson, A.B.
履歴
登録2000年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGM MEZ IMMUNOGLOBULIN
H: IGM MEZ IMMUNOGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7422
ポリマ－24,7422
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.570, 61.130, 42.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The Mez Fv is a non-covalent heterodimer of VL (chain L) and VH (chain H)

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要素

#1: 抗体 IGM MEZ IMMUNOGLOBULIN


分子量: 11527.743 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN VARIABLE DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 IGM MEZ IMMUNOGLOBULIN


分子量: 13214.604 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN VARIABLE DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microseeding, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 6-8% (W/V) PEG 8000, 0.05% (W/V) SODIUM AZIDE, pH 7.0, MICROSEEDING, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
145-50 mg/mlprotein11
20.05 %(w/v)sodium azide11
36-8 %(w/v)PEG800011

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→20 Å / Num. all: 7111 / Num. obs: 7111 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.25 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.58→2.75 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / % possible all: 40
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 83.4 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.76 Å / % possible obs: 40.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 764 11 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.191 6963 --
obs0.191 6963 83.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.31 Å2 / ksol: 0.252 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 0 18 1758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 65 11.5 %
Rwork0.286 502 -
obs--40.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2pca.parpca.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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