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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dqi | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF SUPEROXIDE REDUCTASE FROM P. FURIOSUS IN THE OXIDIZED STATE AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | SUPEROXIDE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / non-heme iron protein / immunoglobulin-like (Ig) beta barrel fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yeh, A.P. / Hu, Y. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W.W. / Rees, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the superoxide reductase from Pyrococcus furiosus in the oxidized and reduced states. 著者: Yeh, A.P. / Hu, Y. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W. / Rees, D.C. #1: ![]() タイトル: Anaerobic Microbes: Oxygen Detoxification Without Superoxide Dismutase 著者: Jenney Jr., F.E. / Verhagen, M.F. / Cui, X. / Adams, M.W.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 376.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 379 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14344.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | This structure of oxidized SOR is different from the 2.0 Angstroms resolution structure of oxidized ...This structure of oxidized SOR is different from the 2.0 Angstroms resolution structure of oxidized SOR in that the data set for this structure was collected under cryogenic temperatures and is at a higher resolution of 1.7 Angstroms | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG4000, Tris-hydrochloride, pH 8.0, glycerol, sodium chloride, ethanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→29.6 Å / Num. all: 51080 / Num. obs: 51080 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Num. unique all: 2506 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 222107 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→29.6 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 29.6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.203 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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