PDB-1dqh: CRYSTAL STRUCTURE OF HELIX II OF THE X. LAEVIS SOMATIC 5S RRNA WI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dqh

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HELIX II OF THE X. LAEVIS SOMATIC 5S RRNA WITH A CYTOSINE BULGE IN TWO CONFORMATIONS

要素

RNA (5'-R(*CP*AP*GP*GP*GP*UP*CP*GP*GP*C)-3')
RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*UP*G)-3')

キーワード

RNA / DOUBLE HELIX / CYTOSINE BULGE

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Xiong, Y. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: RNA / 年: 2000
タイトル: Two crystal forms of helix II of Xenopus laevis 5S rRNA with a cytosine bulge.
著者: Xiong, Y. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	2000年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年7月25日	Group: Other
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dqh.cif.gz	19.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dqh.ent.gz	12.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dqh_validation.pdf.gz	376.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dqh_full_validation.pdf.gz	376.2 KB	表示
XML形式データ	1dqh_validation.xml.gz	3.3 KB	表示
CIF形式データ	1dqh_validation.cif.gz	4.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dqfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1fix-d 4izq-d 1dqf-d 1d88-d 6wy2-1 1i5w-d 411d-d 5lqt-d 2jxq-d 168d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*UP*G)-3')

B: RNA (5'-R(*CP*AP*GP*GP*GP*UP*CP*GP*GP*C)-3')

6.04 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.78, 32.78, 102.5
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	96
Cell setting	tetragonal
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPCPCPAPCPCPCPUPG)-3') 分子量: 2806.735 Da / 分子数: 1 / 断片: HELIX II OF 5S RRNA / 由来タイプ*: 合成
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(CPAPGPGPGPUPCPGPGPC)-3') 分子量: 3231.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MGCL2, CACL2, CACODYLATE, MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MGCL2	1	1
2	CACL2	1	1
3	CACODYLATE	1	1
4	MPD	1	1
5	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	0.2 mM	protein	1	drop
2	0.6 mM		1	drop	MgCl2
3	4.4 %(v/v)	MPD	1	drop
4	20.2 mM	sodium cacodylate	1	drop
5	4.4 mM		1	drop	CaCl2
6	50 %	MPD	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 263 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→22.59 Å / Num. all: 6696 / Num. obs: 6070 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 20.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
CNS	0.9	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: CNS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	653	10.8 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.202	6022	90.6 %	-
all	-	6645	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	399	0	57	456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.26
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection R_free: 10.8 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)