PDB-1dqc: SOLUTION STRUCTURE OF TACHYCITIN, AN ANTIMICROBIAL PROTEIN WITH C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dqc

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF TACHYCITIN, AN ANTIMICROBIAL PROTEIN WITH CHITIN-BINDING FUNCTION

要素

TACHYCITIN

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / disulfide-rich

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Tachypleus tridentatus (カブトガニ)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Suetake, T. / Tsuda, S. / Kawabata, S. / Miura, K. / Kawano, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Chitin-binding proteins in invertebrates and plants comprise a common chitin-binding structural motif.
著者: Suetake, T. / Tsuda, S. / Kawabata, S. / Miura, K. / Iwanaga, S. / Hikichi, K. / Nitta, K. / Kawano, K.

履歴

登録	2000年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dqc.cif.gz	549.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dqc.ent.gz	458.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rp0-d 6j0d-d 4bhr-2 5nod-d 2zzt-d 4ive-4 4zka-5 3ig9-1 5xp1-3 5xqy-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TACHYCITIN

8.38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	TACHYCITIN 分子量: 8383.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tachypleus tridentatus (カブトガニ) / Cell: HEMOCYTE / 参照: UniProt: P91818
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 1.5mM Tachycitin; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 4.2 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
JEOL Alpha	JEOL	Alpha	600	1
JEOL Alpha	JEOL	Alpha	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	1.7	Delaglio	データ解析
PIPP	4.0.4	Garrett	データ解析
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1070 restraints, 1009 are NOE-derived distance constraints, 35 dihedral angle restraints, 26 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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