[日本語] English
万見
- PDB-1dq3: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ARCHAEAL INTEIN-ENCODED HOMING ENDONUCLEA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dq3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ARCHAEAL INTEIN-ENCODED HOMING ENDONUCLEASE PI-PFUI
要素ENDONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / Endonuclease / PI-PfuI / Intein-encoded
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / intein-mediated protein splicing / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #90 / Ribonucleotide reductase, stirrup / PI-PfuI intein endonuclease, subdomain / Stirrup / PI-PfuI Endonuclease subdomain / Ribonucleotide reductase, adenosylcobalamin-dependent / : / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / LAGLIDADG-like domain ...Double Stranded RNA Binding Domain - #90 / Ribonucleotide reductase, stirrup / PI-PfuI intein endonuclease, subdomain / Stirrup / PI-PfuI Endonuclease subdomain / Ribonucleotide reductase, adenosylcobalamin-dependent / : / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / LAGLIDADG-like domain / ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Intein splicing domain / Intein / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Double Stranded RNA Binding Domain / Beta Complex / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vitamin B12-dependent ribonucleoside-diphosphate reductase / Vitamin B12-dependent ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ichiyanagi, K. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of an archaeal intein-encoded homing endonuclease PI-PfuI.
著者: Ichiyanagi, K. / Ishino, Y. / Ariyoshi, M. / Komori, K. / Morikawa, K.
履歴
登録1999年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2262
ポリマ－53,1601
非ポリマー651
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.550, 85.280, 65.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ENDONUCLEASE


分子量: 53160.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / プラスミド: PET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95484, UniProt: E7FHX6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 6.5
詳細: PEG4000, bis tris, sodium chloride, dioxane, glycerol, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein11
250 mMBis-Tris-HCl11
30.5 M11NaCl
45 %(w/v)PEG400011
510 %(v/v)dioxane11
610 %glycerol11
72 mM2-mercaptoethanol11

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 31152 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / % possible all: 84.9
反射
*PLUS
% possible obs: 93.7 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1579 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 31152 93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.9175 Å2 / ksol: 0.335606 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.57 Å20 Å2-0.15 Å2
2--6.97 Å20 Å2
3----3.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3755 0 1 332 4088
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 183 5.4 %
Rwork0.28 3223 -
obs--81.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rwork: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.302 / Rfactor Rwork: 0.281

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る