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- PDB-1dpt: D-DOPACHROME TAUTOMERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dpt
タイトルD-DOPACHROME TAUTOMERASE
要素D-DOPACHROME TAUTOMERASE
キーワードCYTOKINE / GROWTH FACTOR / TAUTOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / melanin biosynthetic process / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / melanin biosynthetic process / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-dopachrome decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Sugimoto, H. / Taniguchi, M. / Nakagawa, A. / Tanaka, I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of human D-dopachrome tautomerase, a homologue of macrophage migration inhibitory factor, at 1.54 A resolution.
著者: Sugimoto, H. / Taniguchi, M. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Suzuki, M. / Nishihira, J.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1998
タイトル: Molecular Cloning of Human D-Dopachrome Tautomerase Cdna: N-Terminal Proline is Essential for Enzyme Activation
著者: Nishihira, J. / Fujinaga, M. / Kuriyama, T. / Suzuki, M. / Sugimoto, H. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Sakai, M.
#2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Human D-Dopachrome Tautomerase
著者: Sugimoto, H. / Taniguchi, M. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Suzuki, M. / Nishihira, J.
履歴
登録1998年5月11日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年6月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-DOPACHROME TAUTOMERASE
B: D-DOPACHROME TAUTOMERASE
C: D-DOPACHROME TAUTOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7813
ポリマ－37,7813
非ポリマー00
水4,468248
1
A: D-DOPACHROME TAUTOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5941
ポリマ－12,5941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: D-DOPACHROME TAUTOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5941
ポリマ－12,5941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: D-DOPACHROME TAUTOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5941
ポリマ－12,5941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.230, 84.230, 40.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.38826, -0.92154, -0.00293), (-0.92155, -0.38826, -0.00092), (-0.00029, 0.00306, -1)42.28216, 24.39487, 71.35732
2given(-0.56869, 0.82255, 0.00292), (-0.82255, -0.56869, -0.00011), (0.00157, -0.00246, 1)-0.12202, 48.66496, -1.05978

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要素

#1: タンパク質 D-DOPACHROME TAUTOMERASE


分子量: 12593.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 器官: LIVER / プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) LYSS / 参照: UniProt: P30046
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD.
結晶化pH: 5.7 / 詳細: pH 5.7
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1drop
323 %(w/v)PEG40001reservoir
40.1 Msodium citrate1reservoir
50.2 Mammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→20 Å / Num. obs: 43724 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.54→1.62 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 81.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 104959
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR

解像度: 1.54→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 1759 4 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.164 43723 90.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2655 0 0 248 2903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.752
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.532.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 205 4.2 %
Rwork0.275 4713 -
obs--81.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.82
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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