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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dpt | ||||||
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タイトル | D-DOPACHROME TAUTOMERASE | ||||||
要素 | D-DOPACHROME TAUTOMERASE | ||||||
キーワード | CYTOKINE / GROWTH FACTOR / TAUTOMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Sugimoto, H. / Taniguchi, M. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of human D-dopachrome tautomerase, a homologue of macrophage migration inhibitory factor, at 1.54 A resolution. 著者: Sugimoto, H. / Taniguchi, M. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Suzuki, M. / Nishihira, J. #1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1998 タイトル: Molecular Cloning of Human D-Dopachrome Tautomerase Cdna: N-Terminal Proline is Essential for Enzyme Activation 著者: Nishihira, J. / Fujinaga, M. / Kuriyama, T. / Suzuki, M. / Sugimoto, H. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Sakai, M. #2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Human D-Dopachrome Tautomerase 著者: Sugimoto, H. / Taniguchi, M. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Suzuki, M. / Nishihira, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dpt.cif.gz | 80.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dpt.ent.gz | 61.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dpt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dpt_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dpt_full_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dpt_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dpt_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/1dpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/1dpt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12593.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 器官: LIVER / プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) LYSS / 参照: UniProt: P30046 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD. | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.7 / 詳細: pH 5.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→20 Å / Num. obs: 43724 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.62 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 81.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 104959 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: HUMAN MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR 解像度: 1.54→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.275 |