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- PDB-1dps: THE CRYSTAL STRUCTURE OF DPS, A FERRITIN HOMOLOG THAT BINDS AND P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dps
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF DPS, A FERRITIN HOMOLOG THAT BINDS AND PROTECTS DNA
要素DPS
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / FERRITIN / IRON SEQUESTRATION / STATIONARY PHASE / OXIDATIVE DAMAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to stress / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis ...DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to stress / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA protection during starvation protein, gammaproteobacteria / Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like ...DNA protection during starvation protein, gammaproteobacteria / Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, NCS / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Grant, R.A. / Filman, D.J. / Finkel, S.E. / Kolter, R. / Hogle, J.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of Dps, a ferritin homolog that binds and protects DNA.
著者: Grant, R.A. / Filman, D.J. / Finkel, S.E. / Kolter, R. / Hogle, J.M.
履歴
登録1998年2月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_keywords / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DPS
B: DPS
C: DPS
D: DPS
E: DPS
F: DPS
G: DPS
H: DPS
I: DPS
J: DPS
K: DPS
L: DPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,11224
ポリマ－224,83612
非ポリマー27612
水25,1671397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45690 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area56700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.410, 139.650, 118.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999989, 0.000512, -0.004563), (-0.000489, -0.999987, -0.005008), (-0.004566, -0.005006, 0.999977)56.4519, 70.0592, 0.3344
2given(-0.997483, 0.070904, -0.000243), (0.070904, 0.997482, 0.001743), (0.000366, 0.001721, -0.999998)53.6743, -1.8928, 59.1023
3given(0.997699, -0.067669, 0.004198), (-0.067658, -0.997705, -0.002665), (0.004368, 0.002374, -0.999988)2.287, 71.7675, 58.9011
4given(0.032708, 0.998898, 0.033657), (-0.003638, -0.033556, 0.99943), (0.999458, -0.032812, 0.002536)-8.5598, 6.6729, 2.6547
5given(-0.036746, -0.998857, -0.030584), (0.00197, 0.030532, -0.999532), (0.999323, -0.036789, 0.000845)65.1769, 63.2303, 2.7164
6given(-0.032294, -0.999068, 0.028622), (0.001782, 0.02858, 0.99959), (-0.999477, 0.032332, 0.000858)63.227, 4.3372, 56.5471
7given(0.036552, 0.998973, -0.026766), (0.003199, -0.026901, -0.999633), (-0.999327, 0.036453, -0.004179)-6.8117, 65.1924, 56.4655
8given(0.023099, -0.0046, 0.999723), (0.999095, -0.035611, -0.023248), (0.035708, 0.999355, 0.003773)-1.5746, 8.6354, -6.4992
9given(-0.033176, -0.000273, -0.999449), (-0.998911, 0.032829, 0.033149), (0.032802, 0.999461, -0.001362)58.5808, 60.8805, -6.2608
10given(0.034648, 0.003681, -0.999393), (0.998929, -0.030795, 0.034518), (-0.03065, -0.999519, -0.004744)56.601, 6.7833, 65.3942
11given(-0.030572, 0.000474, 0.999532), (-0.99893, 0.034718, -0.03057), (-0.034716, -0.999397, -0.000588)-0.3539, 62.6733, 65.5028

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要素

#1: タンパク質
DPS / PEXB


分子量: 18736.359 Da / 分子数: 12 / 変異: S164C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ZK126 DPS\:\:KAN / 遺伝子: DPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABT2
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: FUJI IMAGE PLATES FOR CHESS DATA
結晶化pH: 8
詳細: 1.55-1.7 M SODIUM FORMATE 13-16% PEG 8000 100 MM NACL 50 MM TRIS PH 8, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 1792266 / % possible obs: 92 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.052 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.052 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, NCS / 解像度: 1.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 22050 9.9 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 221900 76.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14698 0 12 1397 16107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.55
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 2817 10.1 %
Rwork0.232 25150 -
obs--58.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLWAT_4PDB.TOPOLOGY
X-RAY DIFFRACTION3NAI.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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