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- PDB-1dpr: STRUCTURES OF THE APO-AND METAL ION ACTIVATED FORMS OF THE DIPHTH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dpr
タイトルSTRUCTURES OF THE APO-AND METAL ION ACTIVATED FORMS OF THE DIPHTHERIA TOX REPRESSOR FROM CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE
要素DIPHTHERIA TOX REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / DIPHTHERIA / VIRULENCE / DNA-BINDING / IRON-REGULATION REPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / SH3 domain binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain ...Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Transcriptional repressor, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Diphtheria toxin repressor / Diphtheria toxin repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schiering, N. / Tao, X. / Murphy, J. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Structures of the apo- and the metal ion-activated forms of the diphtheria tox repressor from Corynebacterium diphtheriae.
著者: Schiering, N. / Tao, X. / Zeng, H. / Murphy, J.R. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
#1: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1994
タイトル: Iron, Dtxr, and the Regulation of Diphtheria Toxin Expression
著者: Tao, X. / Schiering, N. / Zeng, H. / Ringe, D. / Murphy, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of the Diphtheria Tox Repressor from Corynebacterium Diphtheriae
著者: Schiering, N. / Tao, X. / Murphy, J. / Petsko, G. / Ringe, D.
履歴
登録1995年2月6日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
Remark 650HELIX HELIX DETERMINATION METHOD: DSSP AND O.
Remark 700SHEET SHEET SHEET_ID: 1; DETERMINATION METHOD: DSSP AND O.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIPHTHERIA TOX REPRESSOR
B: DIPHTHERIA TOX REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7002
ポリマ－50,7002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.000, 64.000, 220.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: GLY B 38 - PRO B 39 OMEGA = 144.51 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.507, 0.861, 0.032), (0.86, 0.503, 0.084), (0.057, 0.07, -0.996)
ベクター: 0.287, -5.622, 107.468)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 3 .. A 136 B 3 .. B 136 1.491

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要素

#1: タンパク質 DIPHTHERIA TOX REPRESSOR / DTXR


分子量: 25349.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
株: C7(-) / プラスミド: PDR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33120, UniProt: P0DJL7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Schiering, N., (1994) J.Mol.Biol., 244, 654.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
21.6 Mammonium sulfate1drop
32 %PEG2001drop
41 mMdithiothreitol1drop
5100 mMHEPES1drop
61.6 Mammonium sulfate1reservoir
72 %PEG2001reservoir
81 mMDTT1reservoir
9100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 9355 / % possible obs: 83.8 %
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. measured all: 21855 / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 3→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.417 -
Rwork0.241 -
obs0.241 7379
原子変位パラメータBiso mean: 13.98 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2122 0 0 0 2122
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 7378 / Rfactor obs: 0.233 / Rfactor Rfree: 0.413 / Rfactor Rwork: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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