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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dp8 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE NITRIC OXIDE BOUND FIXL HEME DOMAIN | ||||||
要素 | FIXL PROTEIN | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HEME / FIXL HEME DOMAIN LIGANDED STRUCTURES / HISTIDINE KINASE / SIGNAL TRANSDUCTION / TWO COMPONENT SYSTEM / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histidine phosphotransfer kinase activity / nitrogen fixation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Gong, W. / Hao, B. / Chan, M.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: New mechanistic insights from structural studies of the oxygen-sensing domain of Bradyrhizobium japonicum FixL. 著者: Gong, W. / Hao, B. / Chan, M.K. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: Structure of a Biological Oxygen Sensor: a New Mechanism for Heme-driven Signal Transduction 著者: Gong, W. / Hao, B. / Mansy, S.S. / Gonzalez, G. / Gilles-Gonzalez, M.A. / Chan, M.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dp8.cif.gz | 40.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dp8.ent.gz | 27.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dp8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dp8_validation.pdf.gz | 473 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dp8_full_validation.pdf.gz | 475.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dp8_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dp8_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/1dp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/1dp8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14919.858 Da / 分子数: 1 / 断片: HEME DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / プラスミド: PRJ7349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23222 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NO / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Sodium Chloride, HEPES, MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: W, Gong, (1998) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 95, 15177. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.283 |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.283 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 45555 / Num. obs: 6138 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→20 Å / Rmerge(I) obs: 0.293 / Num. unique all: 6138 / % possible all: 92.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 45555 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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