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- PDB-1dp4: DIMERIZED HORMONE BINDING DOMAIN OF THE ATRIAL NATRIURETIC PEPTID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dp4
タイトルDIMERIZED HORMONE BINDING DOMAIN OF THE ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR
要素ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR A
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / LYASE / periplasmic binding protein fold / dimer / LYASE COMPLEX / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Physiological factors / ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / hormone binding ...Physiological factors / ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / hormone binding / cGMP-mediated signaling / dopamine metabolic process / peptide hormone binding / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of blood pressure / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase activity / intracellular signal transduction / GTP binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase / Natriuretic peptides receptors signature. / : / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase ...Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase / Natriuretic peptides receptors signature. / : / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Atrial natriuretic peptide receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者van den Akker, F. / Zhang, X. / Miyagi, M. / Huo, X. / Misono, K.S. / Yee, V.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structure of the dimerized hormone-binding domain of a guanylyl-cyclase-coupled receptor.
著者: van den Akker, F. / Zhang, X. / Miyagi, M. / Huo, X. / Misono, K.S. / Yee, V.C.
履歴
登録1999年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR A
C: ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,72418
ポリマ－96,8702
非ポリマー2,85416
水9,260514
1
C: ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR A
ヘテロ分子

C: ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,04120
ポリマ－96,8702
非ポリマー3,17218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area5480 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area37930 Å2
手法PISA
2
A: ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR A
ヘテロ分子

A: ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,40716
ポリマ－96,8702
非ポリマー2,53714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area35930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.250, 120.250, 160.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-649-

HOH

詳細THE DIMER IN THIS ENTRY IS THE HEAD TO HEAD (HH)-DIMER THAT HAS SUBSEQUENTLY BEEN IDENTIFIED AS THE PHYSIOLOGICALLY ACTIVE DIMER BY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS STUDIES (QIU, Y., OGAWA, H., ZHANG, X., MISONO, K.S. J.BIOL.CHEM. 279:6115-23, 2004) AND THE DIMER IN SOLUTION BY ELECTRON MICROSCOPY COUPLED WITH SINGLE PARTICLE RECONSTRUCTION (SUBMITTED FOR PUBLICATION). THE CC DIMER (biolomecule 1) WAS CHOSEN by author FOR A SLIGHTLY LARGER BURIED SURFACE AREA AND MORE CARBOXYL TERMINAL STRUCTURE ASSIGNED.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR A


分子量: 48434.828 Da / 分子数: 2 / 断片: HORMONE BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PCDNA3-NPR / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: P18910, guanylate cyclase

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糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 525分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
30.1 MTris-HCl1reservoir
40.2 M1reservoirLi2SO4
526 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 80413 / Num. obs: 79776 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Num. unique all: 12036 / % possible all: 96.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
SOLVE位相決定
CNS0.5精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3501141.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3965 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all-80496 --
obs-78461 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.45 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6720 0 173 514 7407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 648 5.1 %
Rwork0.213 12036 -
obs--96.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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