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- PDB-1do6: CRYSTAL STRUCTURE OF SUPEROXIDE REDUCTASE IN THE OXIDIZED STATE A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1do6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SUPEROXIDE REDUCTASE IN THE OXIDIZED STATE AT 2.0 ANGSTROM RESOLUTION
要素SUPEROXIDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME IRON PROTEIN / IMMUNOGLOBULIN-LIKE (IG) BETA BARREL FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide reductase / superoxide reductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / : / Desulfoferrodoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yeh, A.P. / Hu, Y. / Jenney Junior, F.E. / Adams, M.W. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structures of the superoxide reductase from Pyrococcus furiosus in the oxidized and reduced states.
著者: Yeh, A.P. / Hu, Y. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Anaerobic Microbes: Oxygen Detoxification Without Superoxide Dismutase
著者: Jenney Junior, F.E. / Verhagen, M.F. / Cui, X. / Adams, M.W.
履歴
登録1999年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE REDUCTASE
B: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8004
ポリマ－28,6882
非ポリマー1122
水2,306128
1
A: SUPEROXIDE REDUCTASE
B: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE REDUCTASE
B: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6008
ポリマ－57,3774
非ポリマー2234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area12210 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.310, 94.020, 52.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-267-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SUPEROXIDE REDUCTASE / SOR


分子量: 14344.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P82385
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, TRIS-HYDROCHLORIDE, PH 8.0, GLYCEROL, SODIUM CHLORIDE, ETHANOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 44 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
322 %PEG40001reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir
510 %(v/v)glycerol1reservoir
6200 mM1reservoirNaCl
72 %(v/v)ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.8 Å / Num. all: 16334 / Num. obs: 16334 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / % possible all: 84.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 65376
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
X-GENデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 2→28.8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 1038 -6.4% OF 16,334 REFLECTIONS WERE RANDOMLY SELECTED FOR THE TEST SET
Rwork0.16 ---
all0.162 16334 --
obs0.162 16334 92.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 2 128 2158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 28.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 6.4 % / Rfactor obs: 0.16 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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