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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1do6 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF SUPEROXIDE REDUCTASE IN THE OXIDIZED STATE AT 2.0 ANGSTROM RESOLUTION | ||||||
![]() | SUPEROXIDE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NON-HEME IRON PROTEIN / IMMUNOGLOBULIN-LIKE (IG) BETA BARREL FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Yeh, A.P. / Hu, Y. / Jenney Junior, F.E. / Adams, M.W. / Rees, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the superoxide reductase from Pyrococcus furiosus in the oxidized and reduced states. 著者: Yeh, A.P. / Hu, Y. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W. / Rees, D.C. #1: ![]() タイトル: Anaerobic Microbes: Oxygen Detoxification Without Superoxide Dismutase 著者: Jenney Junior, F.E. / Verhagen, M.F. / Cui, X. / Adams, M.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 368.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14344.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG4000, TRIS-HYDROCHLORIDE, PH 8.0, GLYCEROL, SODIUM CHLORIDE, ETHANOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→28.8 Å / Num. all: 16334 / Num. obs: 16334 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / % possible all: 84.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 65376 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→28.8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→28.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 28.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 6.4 % / Rfactor obs: 0.16 / Rfactor Rwork: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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