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- PDB-1dmu: Crystal structure of the restriction endonuclease BglI (e.c.3.1.2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dmu
タイトルCrystal structure of the restriction endonuclease BglI (e.c.3.1.21.4) bound to its dna recognition sequence
要素
  • BGLI RESTRICTION ENDONUCLEASE
  • DNA (5'-D(*AP*TP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*AP*T)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / ACTIVE SITE CALCIUM IONS / ALPHA/BETA STRUCTURE / A:A MISMATCH / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease BglI / Restriction endonuclease, type II, BglI / Restriction endonuclease, type II, BglI superfamily / Restriction endonuclease BglI / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme BglI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Newman, M. / Lunnen, K. / Wilson, G. / Greci, J. / Schildkraut, I. / Phillips, S.E.V.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of restriction endonuclease BglI bound to its interrupted DNA recognition sequence.
著者: Newman, M. / Lunnen, K. / Wilson, G. / Greci, J. / Schildkraut, I. / Phillips, S.E.
#1: ジャーナル: Patent / 年: 1994
タイトル: Method for producing the BglI restriction endonuclease and methylase
著者: Lunnen, K.D. / Wilson, G.G.
履歴
登録1999年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle ...citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_patent ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_patent / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*AP*T)-3')
A: BGLI RESTRICTION ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5017
ポリマ－39,2622
非ポリマー2385
水4,594255
1
F: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*AP*T)-3')
A: BGLI RESTRICTION ENDONUCLEASE
ヘテロ分子

F: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*AP*T)-3')
A: BGLI RESTRICTION ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,00114
ポリマ－78,5244
非ポリマー47710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)78.480, 81.600, 117.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*AP*T)-3')


分子量: 5211.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CONTAINS DNA RECOGNITION SEQUENCE OF BGLI
#2: タンパク質 BGLI RESTRICTION ENDONUCLEASE / E.C.3.1.21.4


分子量: 34050.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O68557, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 7-12% PEG 4000, 75-150MM LI2SO4, 100MM TRIS-HCL, 1:2 PROTEIN:DNA MOLAR RATIO, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1LI2SO411
2TRIS-HCL11
3PEG 400011
4PEG 400012
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mM1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
57-12 %PEG40001reservoir
675-150 mM1reservoirLi2SO4
7100 mMTris-HCl1reservoir
3Tris-HCl1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.919
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1997年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 17679 / Num. obs: 17679 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 0.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / % possible all: 57.1
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER FOR PROTEIN AND PARKINSON ET AL. FOR DNA
詳細: TO IMPOSE DOUBLE STRANDED BASE-PAIRING RESTRAINTS ON DNA, TWO OLIGONUCLEOTIDE STRANDS WERE INCLUDED IN THE ASYMMETRIC UNIT (RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC TWO- FOLD). THESE WERE GIVEN 0.5 ...詳細: TO IMPOSE DOUBLE STRANDED BASE-PAIRING RESTRAINTS ON DNA, TWO OLIGONUCLEOTIDE STRANDS WERE INCLUDED IN THE ASYMMETRIC UNIT (RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC TWO- FOLD). THESE WERE GIVEN 0.5 OCCUPANCY AND WERE REFINED WITH FORCE CONSTANTS FOR VAN DER WAALS AND ELECTROSTATIC INTERACTIONS BETWEEN SYMMETRY RELATED MOLECULES SET TO ZERO. B-DNA SUGAR PUCKER RESTRAINTS WERE IMPOSED ONLY AT THE BEGINNING OF REFINEMENT. THE FOLLOWING SIDE-CHAINS CANNOT BE POSITIONED IN THE ELECTRON DENSITY MAP: GLU7, GLN15, GLU47, GLU102, GLU172, ARG186, THR224, LYS225 AND LYS259
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1704 10 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.185 17482 --
obs0.183 17359 89.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 346 8 255 2969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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