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- PDB-1dmn: CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT ENZYME Y32F/Y57F OF KETOSTEROID ISOME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dmn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT ENZYME Y32F/Y57F OF KETOSTEROID ISOMERASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA BIOTYPE B
要素STEROID DELTA-ISOMERASE
キーワードISOMERASE / CONESHELL / CLOSED BARREL / CURVED B-SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ketosteroid isomerase / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kim, D.H. / Jang, D.S. / Nam, G.H. / Oh, B.H. / Choi, K.Y.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Contribution of the hydrogen-bond network involving a tyrosine triad in the active site to the structure and function of a highly proficient ketosteroid isomerase from Pseudomonas putida biotype B.
著者: Kim, D.H. / Jang, D.S. / Nam, G.H. / Choi, G. / Kim, J.S. / Ha, N.C. / Kim, M.S. / Oh, B.H. / Choi, K.Y.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: High-Resolution Crystal Structures of delta(5)-3-Ketosteroid Isomerase with and without a Reaction Intermediate Analogue
著者: Kim, S.W. / Cha, S.S. / Cho, H.S. / Kim, J.S. / Ha, N.C. / Cho, M.J. / Joo, S. / Kim, K.K. / Choi, K.Y. / Oh, B.H.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure and Enzyme Mechanism of delta(5)-3-Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas testosteroni
著者: Cho, H.S. / Choi, G. / Choi, K.Y. / Oh, B.H.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of delta(5)-3-Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas testosteroni in Complex with Equilenin Settles the Correct Hydrogen Bonding Scheme for Transition State Stabilization
著者: Cho, H.S. / Ha, N.C. / Choi, G. / Kim, H.J. / Lee, D. / Oh, K.S. / Kim, K.S. / Lee, W. / Choi, K.Y. / Oh, B.H.
履歴
登録1999年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STEROID DELTA-ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5171
ポリマ－14,5171
非ポリマー00
水86548
1
A: STEROID DELTA-ISOMERASE

A: STEROID DELTA-ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0332
ポリマ－29,0332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)36.36, 96.48, 74.60
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 STEROID DELTA-ISOMERASE


分子量: 14516.501 Da / 分子数: 1 / 変異: Y32F, Y57F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: SODIUM ACETATE, AMMONIUM ACETATE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.0 Msodium acetate1reservoir
20.1 Mammonium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 9209 / Num. obs: 8592 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0.5 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.05→20 Å / σ(F): 0.5 / σ(I): 0.5 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.244 430 5%
Rwork0.195 --
all0.195 9209 -
obs0.195 8592 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数955 0 0 48 1003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.03
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0.5 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.2 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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