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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dm1 | ||||||
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タイトル | 2.0 A CRYSTAL STRUCTURE OF THE DOUBLE MUTANT H(E7)V, T(E10)R OF MYOGLOBIN FROM APLYSIA LIMACINA | ||||||
要素 | MYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / GLOBIN FOLD / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aplysia limacina (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Federici, L. / Savino, C. / Musto, R. / Travaglini-Allocatelli, C. / Cutruzzola, F. / Brunori, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2000 タイトル: Engineering His(E7) affects the control of heme reactivity in Aplysia limacina myoglobin. 著者: Federici, L. / Savino, C. / Musto, R. / Travaglini-Allocatelli, C. / Cutruzzola, F. / Brunori, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dm1.cif.gz | 42 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dm1.ent.gz | 29.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dm1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/1dm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/1dm1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15322.347 Da / 分子数: 1 / 変異: V63H, R66T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aplysia limacina (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02210 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.57 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: SODIUM CITRATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 294 K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→59.76 Å / Num. all: 19111 / Biso Wilson estimate: 29.814 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.99→59.76 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→59.76 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.215 / Rfactor Rwork: 0.189 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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