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- PDB-1dlp: STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF THE NATIVE FETUIN-BINDING PROTEIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dlp
タイトルSTRUCTURAL CHARACTERIZATION OF THE NATIVE FETUIN-BINDING PROTEIN SCILLA CAMPANULATA AGGLUTININ (SCAFET): A NOVEL TWO-DOMAIN LECTIN
要素LECTIN SCAFET PRECURSOR
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / TWO-DOMAIN LECTIN / BETA PRISM II FOLD / NATIVE
機能・相同性Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta / Lectin SCAfet
機能・相同性情報
生物種Hyacinthoides hispanica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wright, L.M. / Reynolds, C.D. / Rizkallah, P.J. / Allen, A.K. / VanDamme, E.J.M. / Donovan, M.J. / Peumans, W.J.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2000
タイトル: Structural characterisation of the native fetuin-binding protein Scilla campanulata agglutinin: a novel two-domain lectin.
著者: Wright, L.M. / Reynolds, C.D. / Rizkallah, P.J. / Allen, A.K. / Van Damme, E.J. / Donovan, M.J. / Peumans, W.J.
#1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1999
タイトル: Purification and Crystallisation of a Novel Two-Domain Lectin from Scilla Campanulata
著者: Wright, L.M. / Reynolds, C.D. / Rizkallah, P.J. / Allen, A.K. / Peumans, W.J. / Van Damme, E. / Donovan, M.J.
#2: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1999
タイトル: Isolation, characterization, molecular cloning and molecular modelling of two lectins of different specificities from bluebell (Scilla campanulata) bulbs
著者: Wright, L.M. / Van Damme, E.J. / Barre, A. / Allen, A.K. / Van Leuven, F. / Reynolds, C.D. / Rouge, P. / Peumans, W.J.
履歴
登録1999年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LECTIN SCAFET PRECURSOR
B: LECTIN SCAFET PRECURSOR
C: LECTIN SCAFET PRECURSOR
D: LECTIN SCAFET PRECURSOR
E: LECTIN SCAFET PRECURSOR
F: LECTIN SCAFET PRECURSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,2726
ポリマ－153,2726
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)277.940, 164.100, 53.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
LECTIN SCAFET PRECURSOR


分子量: 25545.377 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PROTEIN WAS EXTRACTED FROM THE BULBS OF THIS PLANT / 由来: (天然) Hyacinthoides hispanica (植物) / 参照: UniProt: Q9ZP48
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 70% Ammonium sulphate, Acetic Acid buffer, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
濃度: 70 %sat / 一般名: ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 34139 / % possible obs: 95.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化解像度: 3.3→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted maximum likelihood procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1707 -Random 5%
Rwork0.189 ---
obs-34139 95.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10364 0 0 67 10431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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