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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dlp | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF THE NATIVE FETUIN-BINDING PROTEIN SCILLA CAMPANULATA AGGLUTININ (SCAFET): A NOVEL TWO-DOMAIN LECTIN | ||||||
要素 | LECTIN SCAFET PRECURSOR | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / TWO-DOMAIN LECTIN / BETA PRISM II FOLD / NATIVE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hyacinthoides hispanica (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Wright, L.M. / Reynolds, C.D. / Rizkallah, P.J. / Allen, A.K. / VanDamme, E.J.M. / Donovan, M.J. / Peumans, W.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2000 タイトル: Structural characterisation of the native fetuin-binding protein Scilla campanulata agglutinin: a novel two-domain lectin. 著者: Wright, L.M. / Reynolds, C.D. / Rizkallah, P.J. / Allen, A.K. / Van Damme, E.J. / Donovan, M.J. / Peumans, W.J. #1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1999 タイトル: Purification and Crystallisation of a Novel Two-Domain Lectin from Scilla Campanulata 著者: Wright, L.M. / Reynolds, C.D. / Rizkallah, P.J. / Allen, A.K. / Peumans, W.J. / Van Damme, E. / Donovan, M.J. #2: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1999 タイトル: Isolation, characterization, molecular cloning and molecular modelling of two lectins of different specificities from bluebell (Scilla campanulata) bulbs 著者: Wright, L.M. / Van Damme, E.J. / Barre, A. / Allen, A.K. / Van Leuven, F. / Reynolds, C.D. / Rouge, P. / Peumans, W.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dlp.cif.gz | 346.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dlp.ent.gz | 220.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dlp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dlp_validation.pdf.gz | 420 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dlp_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1dlp_validation.xml.gz | 120.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dlp_validation.cif.gz | 155.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dlp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dlp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25545.377 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PROTEIN WAS EXTRACTED FROM THE BULBS OF THIS PLANT / 由来: (天然) Hyacinthoides hispanica (植物) / 参照: UniProt: Q9ZP48 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 70% Ammonium sulphate, Acetic Acid buffer, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
結晶化 | *PLUS |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 70 %sat / 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 34139 / % possible obs: 95.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.3→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted maximum likelihood procedure
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
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