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万見
- PDB-1dlo: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dlo
タイトルHUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1
要素(HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Hughes, S. / Arnold, E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of unliganded HIV-1 reverse transcriptase at 2.7 A resolution: implications of conformational changes for polymerization and inhibition mechanisms.
著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Jr., A.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution
著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / al., et
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors
著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Complexed with Double-Stranded DNA at 3.0 A Resolution Shows Bent DNA
著者: Jacobo-Molina, A. / Ding, J. / Nanni, R.G. / Clark Junior, A.D. / Lu, X. / Tantillo, C. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Ferris, A.L. / Clark, P. / al., et
履歴
登録1996年4月17日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE
B: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9002
ポリマ－113,9002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area43890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.500, 70.300, 93.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE / HIV-1 RT


分子量: 63988.273 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: BH10 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE / HIV-1 RT


分子量: 49911.359 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: BH10 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
構成要素の詳細HIV-1 RT IS COMPOSED OF TWO SUBUNITS OF 66 KDA AND 51 KDA, DESIGNATED AS P66 AND P51, RESPECTIVELY. ...HIV-1 RT IS COMPOSED OF TWO SUBUNITS OF 66 KDA AND 51 KDA, DESIGNATED AS P66 AND P51, RESPECTIVELY. THE POLYMERASE DOMAINS OF BOTH P66 AND P51 CONTAIN OF FOUR SUBDOMAINS, NAMED FINGERS, PALM, THUMB, AND CONNECTION. THE BOUNDARIES OF INDIVIDUAL SUBDOMAINS ARE AS FOLLOWING: FINGERS: 1 - 84 AND 120 - 150 PALM: 85 - 119 AND 151 - 243 THUMB: 244 - 322 CONNECTION: 323 - 437 IN P66 AND 323 - 427 IN P51. THE CURRENT MODEL CONTAINS 556 AMINO ACID RESIDUES (1 - 556) AND 4370 NON-HYDROGEN ATOMS FOR P66, 427 AMINO ACID RESIDUES (1 - 427) AND 3322 NON-HYDROGEN ATOMS FOR P51. 267 WATER MOLECULES WERE INCLUDED IN THE CURRENT REFINEMENT. THE BETA 3 - BETA 4 LOOP (65 - 72), BETA 7 - BETA 8 LOOP (133 - 143), THE REGION FROM BETA 14 TO ALPHA H (249 - 258), AND ALPHA I - ALPHA J LOOP (281 - 293) OF P66, ARE HIGHLY DISORDERED WITH VERY POOR ELECTRON DENSITY, THEREFORE, THE BACKBONE TRACES IN THESE REGIONS ARE TENTATIVE. THE LOOP BETWEEN ALPHA F AND BETA 13 (219 - - 230) OF P51 HAS NO ELECTRON DENSITY AND THUS HAS NOT BEEN MODELED. DUE TO THE VERY WEAK OR INVISIBLE ELECTRON DENSITY FOR THE SIDE CHAINS, THE FOLLOWING RESIDUES HAVE BEEN MODELED AS ALANINES DURING THE REFINEMENT BUT ARE GIVEN THEIR CORRECT RESIDUE NAMES IN THIS ENTRY. P66 (CHAIN A): 22, 28, 64, 70 - 71, 134 - 136, 139, 169, 177, 194, 203, 218, 224, 242, 278, 281, 291, 297, 305, 311 - 312, 334, 336, 356 - 359, 404, 407, 413 - 414, 424, 448, 451, 512, 514, 527, 549 - 551, 556. P51 (CHAIN B): 36, 67 - 69, 88 - 89, 173, 197, 238, 281 - 282, 295, 297, 305 - 306, 308, 356 - 358, 361 - 362, 407, 424 - 425, 427. THE DEFINITION OF SECONDARY STRUCTURAL ELEMENTS IS LARGELY BASED ON PROGRAM PROCHECK AND HYDROGEN-BONDING PATTERN. THE NAMES OF SECONDARY STRUCTURAL ELEMENTS WERE BASICALLY KEPT CONSISTENT WITH THAT THE DEPOSITORS USED IN JACOBO-MOLINA ET AL. (1993). SOME ASSIGNED BETA STRANDS DO NOT APPEAR TO PARTICIPATE IN BETA SHEETS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Kohlstaedt, L.A., (1992) Science, 256, 1783.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16-8 mg/mlRT1drop
225 mMBis-Tris propane1drop
350 mM1drop(NH4)2SO4
40.1 %(w/v)beta-octylglucoside1drop
55 %(v/v)glycerol1drop
67 %(w/v)PEG80001drop
70.01 %sodium azide1drop
850 mMBis-Tris propane1reservoir
9100 mM1reservoir(NH4)2SO4
100.2 %(w/v)beta-octylglucoside1reservoir
1110 %(v/v)glycerol1reservoir
1214 %(w/v)PEG80001reservoir
130.02 %sodium azide1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.908
検出器検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1994年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 41049 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. measured all: 142770

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.336 -
Rwork0.249 -
obs0.249 38310
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7692 0 0 267 7959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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