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万見
- PDB-1dla: NOVEL NADPH-BINDING DOMAIN REVEALED BY THE CRYSTAL STRUCTURE OF A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dla
タイトルNOVEL NADPH-BINDING DOMAIN REVEALED BY THE CRYSTAL STRUCTURE OF ALDOSE REDUCTASE
要素ALDOSE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(NADP)
機能・相同性
機能・相同性情報


aldose reductase / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / aldose reductase (NADPH) activity ...aldose reductase / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldo-keto reductase family 1 member B1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Rondeau, J.-M. / Tete-Favier, F. / Podjarny, A. / Reymann, J.-M. / Barth, P. / Biellmann, J.-F. / Moras, D.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Novel NADPH-binding domain revealed by the crystal structure of aldose reductase.
著者: Rondeau, J.M. / Tete-Favier, F. / Podjarny, A. / Reymann, J.M. / Barth, P. / Biellmann, J.F. / Moras, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Structure Determination of Aldose Reductase: Joys and Traps of Local Symmetry Averaging
著者: Tete-Favier, F. / Rondeau, J.-M. / Podjarny, A. / Moras, D.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Study of Pig Lens Aldose Reductase
著者: Rondeau, J.-M. / Samama, J.-P. / Samama, B. / Barth, P. / Moras, D. / Biellmann, J.-F.
履歴
登録1993年2月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
Remark 700SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *BRA*, *BRB*, *BRC*, AND *BRD* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *BRA*, *BRB*, *BRC*, AND *BRD* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. THESE ARE REPRESENTED BY NINE-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDOSE REDUCTASE
B: ALDOSE REDUCTASE
C: ALDOSE REDUCTASE
D: ALDOSE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,8444
ポリマ－142,8444
非ポリマー00
水00
1
A: ALDOSE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7111
ポリマ－35,7111
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ALDOSE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7111
ポリマ－35,7111
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ALDOSE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7111
ポリマ－35,7111
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ALDOSE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7111
ポリマ－35,7111
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.300, 85.900, 56.600
Angle α, β, γ (deg.)102.30, 103.30, 79.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.45654, 0.05706, 0.88787), (0.08505, -0.99617, 0.02026), (0.88562, 0.06628, -0.45965)-0.24, -1.13, -0.18
2given(-0.88362, -0.39806, -0.24652), (-0.45998, 0.63984, 0.61566), (-0.08733, 0.65739, -0.74847)-1.7, 0.32, 0.65
3given(-0.61888, 0.38763, -0.68318), (0.34043, -0.65146, -0.67801), (-0.70789, -0.65218, 0.27122)-0.58, -1.12, -1.37
4given(-0.64498, 0.31637, -0.69565), (0.37305, -0.66412, -0.64791), (-0.66697, -0.67739, 0.31032)-1.62, -0.46, -0.21
5given(-0.86705, -0.45256, -0.20839), (-0.48368, 0.66429, 0.56988), (-0.11947, 0.5949, -0.79487)-1.33, -0.38, -0.87
6given(0.559845, 0.120104, 0.819847), (0.110852, -0.991401, 0.069539), (0.821149, 0.051951, -0.568345)-0.38433, -0.68345, 0.92487

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要素

#1: タンパク質
ALDOSE REDUCTASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 35710.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P80276, aldose reductase
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: SEQUENCE NOT IN SWISS-PROT DATA BASE. THE SEQUENCE PRESENTED BELOW IS ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: SEQUENCE NOT IN SWISS-PROT DATA BASE. THE SEQUENCE PRESENTED BELOW IS THAT DESCRIBED BY M. JAQUINOD ET AL.,( EUR. J. BIOCHEM. 218, 893, 1993).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlenzyme1drop
22.5 %(w/v)PEG60001drop
310 mMcitrate1drop
41 mMdithiothreitol1drop
51 mMsodium azide1drop
620 %(w/v)PEG60001reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 82 Å / Num. obs: 40833 / % possible obs: 82 % / Num. measured all: 128597 / Rmerge(I) obs: 0.065

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.219 / Rfactor obs: 0.219 / 最高解像度: 3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1242 0 0 0 1242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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