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- PDB-1dku: CRYSTAL STRUCTURES OF BACILLUS SUBTILIS PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dku
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF BACILLUS SUBTILIS PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHATE SYNTHETASE: MOLECULAR BASIS OF ALLOSTERIC INHIBITION AND ACTIVATION.
要素PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
キーワードTRANSFERASE / OPEN ALPHA-BETA STRUCTURE / DOMAIN DUPLICATION / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE TYPE I FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose phosphate diphosphokinase complex / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like ...Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYL PHOSPHONIC ACID ADENOSINE ESTER / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Ribose-phosphate pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Eriksen, T.A. / Kadziola, A. / Bentsen, A.-K. / Harlow, K.W. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for the function of Bacillus subtilis phosphoribosyl-pyrophosphate synthetase.
著者: Eriksen, T.A. / Kadziola, A. / Bentsen, A.K. / Harlow, K.W. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Overexpression of the B. Subtilis Phosphoribosylpyrophosphate Synthetase and Crystallization of the Free Enzyme and its Substrate-Effector Complexes
著者: Bentsen, A.-K. / Larsen, T.A. / Kadziola, A. / Larsen, S. / Harlow, K.W.
履歴
登録1999年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
B: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3616
ポリマ－69,8202
非ポリマー1,5414
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25050 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
B: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
B: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
B: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,08418
ポリマ－209,4616
非ポリマー4,62312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area32980 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area55980 Å2
手法PISA
3
A: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3616
ポリマ－69,8202
非ポリマー1,5414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.650, 115.650, 106.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE) / RIBOSE-PHOSPHATE PYROPHOSPHOKINASE


分子量: 34910.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PAB600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HO773, IV / 参照: UniProt: P14193, ribose-phosphate diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-AP2 / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER


分子量: 425.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N5O9P2
#3: 化合物 ChemComp-ABM / METHYL PHOSPHONIC ACID ADENOSINE ESTER / ALPHA-METHYLENE ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 345.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N5O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Sodium citrate, Hepes, alpha,beta-methylene ADP, Magnesium chloride, beta- octylglucoside , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
225 mMmADP1drop
350 mM1dropMgCl2
40.5 %(w/v)beta-octylglucoside1drop
51 Msodium citrate1reservoir
60.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 285 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.912
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→23 Å / Num. obs: 83506 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / % possible all: 93.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 23 Å / Num. obs: 40252 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.35 Å / % possible obs: 98.8 % / Num. unique obs: 7158 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.241 4093 SELECTED IN CONSISTENCE WITH THE R-FREE DATA FOR STRUCTURE ID CODE 1DKR
Rwork0.198 --
obs0.198 40252 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4544 0 100 180 4824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2.011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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