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- PDB-1dkk: BOBWHITE QUAIL LYSOZYME WITH NITRATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dkk
タイトルBOBWHITE QUAIL LYSOZYME WITH NITRATE
要素LYSOZYME
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL) / HYDROLASE / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Colinus virginianus (コリンウズラ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Sheriff, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Refined structures of bobwhite quail lysozyme uncomplexed and complexed with the HyHEL-5 Fab fragment.
著者: Chacko, S. / Silverton, E.W. / Smith-Gill, S.J. / Davies, D.R. / Shick, K.A. / Xavier, K.A. / Willson, R.C. / Jeffrey, P.D. / Chang, C.Y. / Sieker, L.C. / Sheriff, S.
履歴
登録1996年1月10日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME
B: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8266
ポリマ－28,5782
非ポリマー2484
水2,774154
1
A: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3512
ポリマ－14,2891
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4754
ポリマ－14,2891
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.000, 62.600, 60.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.97169, 0.225451, -0.070642), (-0.215583, 0.968415, 0.125286), (0.096657, -0.10651, 0.989602)
ベクター: 8.22, -3.09, 33.39)

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME


分子量: 14289.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colinus virginianus (コリンウズラ) / Cell: EGG / 参照: UniProt: P00700, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mMsodium acetate1drop
245 mg/mlBWQL1drop
30.625 mMformamide1drop
46 %(w/v)sodium nitrate1drop
510 mMsodium acetate1reservoir
61.25 mMformamide1reservoir
712 %(w/v)sodium nitrate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1989年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 14910 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.037
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 85 % / Num. measured all: 43399 / Rmerge(I) obs: 0.0367

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MADNESデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.157 -
obs-14283
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 16 154 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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