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万見
- PDB-1dkg: CRYSTAL STRUCTURE OF THE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE BOUND TO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dkg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE BOUND TO THE ATPASE DOMAIN OF THE MOLECULAR CHAPERONE DNAK
要素
  • MOLECULAR CHAPERONE DNAK
  • NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE
キーワードCOMPLEX (HSP24/HSP70) / HSP70 / GRPE / MOLECULAR CHAPERONE / NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR / COILED-COIL / COMPLEX (HSP24-HSP70) / COMPLEX (HSP24-HSP70) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / adenyl-nucleotide exchange factor activity / protein-containing complex disassembly / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone ...stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / adenyl-nucleotide exchange factor activity / protein-containing complex disassembly / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / protein-containing complex assembly / DNA replication / protein domain specific binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleotide Exchange Factor Grpe; Chain A, domain 2 / Head domain of nucleotide exchange factor GrpE / GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil domain / GrpE nucleotide exchange factor / GrpE nucleotide exchange factor, head / GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil / GrpE / grpE protein signature. / Chaperone DnaK / Defensin A-like - #30 ...Nucleotide Exchange Factor Grpe; Chain A, domain 2 / Head domain of nucleotide exchange factor GrpE / GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil domain / GrpE nucleotide exchange factor / GrpE nucleotide exchange factor, head / GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil / GrpE / grpE protein signature. / Chaperone DnaK / Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein DnaK / Protein GrpE / Chaperone protein DnaK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Harrison, C.J. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the nucleotide exchange factor GrpE bound to the ATPase domain of the molecular chaperone DnaK.
著者: Harrison, C.J. / Hayer-Hartl, M. / Di Liberto, M. / Hartl, F. / Kuriyan, J.
履歴
登録1997年2月13日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE
B: NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE
D: MOLECULAR CHAPERONE DNAK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3383
ポリマ－85,3383
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.430, 149.430, 49.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE


分子量: 21882.854 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN A, B, G122D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ELASTASE PROTEOLYSIS PRODUCT, RESIDUES 34 - 197 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: BL21 (DE3) / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09372
#2: タンパク質 MOLECULAR CHAPERONE DNAK


分子量: 41572.105 Da / 分子数: 1 / Fragment: ATPASE DOMAIN RESIDUES 3 - 383 / 変異: CHAIN D, P319L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: BL21 (DE3) / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04475, UniProt: P0A6Y8*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 mg/mlprotein1drop
23.5 %PEG80001reservoir
315 %ethylene glycol1reservoir
450 mMsodium acetate1reservoir
5190 mMlithium sulfate1reservoir
65-10 mMdithiothreitol1reservoir
710 mM(D,L)-methionine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器検出器: CCD / 日付: 1996年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 26024 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 29 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 86.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 754420 / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.4 % / Rmerge(I) obs: 0.179

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION, TORSION ANGLE REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 1842 7.9 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 23930 87.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5158 0 8 27 5193
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.ION
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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