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- PDB-1dk5: CRYSTAL STRUCTURE OF ANNEXIN 24(CA32) FROM CAPSICUM ANNUUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dk5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ANNEXIN 24(CA32) FROM CAPSICUM ANNUUM
要素ANNEXIN 24(CA32)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / PLANT ANNEXIN / CAPSICUM ANNUUM / BELL PEPPER / CALCIUM BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to water deprivation / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / response to salt stress / response to cold / response to heat / calcium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin D, plant / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin D, plant / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Capsicum annuum (トウガラシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hofmann, A. / Proust, J. / Dorowski, A. / Schantz, R. / Huber, R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Annexin 24 from Capsicum annuum. X-ray structure and biochemical characterization.
著者: Hofmann, A. / Proust, J. / Dorowski, A. / Schantz, R. / Huber, R.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: Characterization and Gene Expression of an Annexin During Fruit Development in Capsicum annuum
著者: Proust, J. / Houlne, G. / Schantz, M.L. / Schantz, R.
履歴
登録1999年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANNEXIN 24(CA32)
B: ANNEXIN 24(CA32)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,05235
ポリマ－73,8822
非ポリマー3,17033
水5,909328
1
A: ANNEXIN 24(CA32)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,28615
ポリマ－36,9411
非ポリマー1,34514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ANNEXIN 24(CA32)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,76620
ポリマ－36,9411
非ポリマー1,82519
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: ANNEXIN 24(CA32)
ヘテロ分子

A: ANNEXIN 24(CA32)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,05235
ポリマ－73,8822
非ポリマー3,17033
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_665x-y+1,-y+1,-z+1/31
Buried area9710 Å2
ΔGint-483 kcal/mol
Surface area28030 Å2
手法PISA
4
B: ANNEXIN 24(CA32)
ヘテロ分子

A: ANNEXIN 24(CA32)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,05235
ポリマ－73,8822
非ポリマー3,17033
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_764-y+2,x-y+1,z-1/31
Buried area8380 Å2
ΔGint-443 kcal/mol
Surface area29360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.760, 96.760, 173.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ANNEXIN 24(CA32)


分子量: 36940.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL FUSION MAHHHHHH / 由来: (組換発現) Capsicum annuum (トウガラシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42657
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.72 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.7 M (NH4)2SO4, 2 mM CaCl2, 0.1 M NaAc , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 15K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.7 Mammonium sulfate11
20.1 Msodium acetate11
32 mM11CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.07
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 176558 / Num. obs: 23400 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 74.107 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.96 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 91.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: NCS-AVERAGING USED, BULK SOLVENT CORRECTION USED, STRUCTURE FACTORS SCALED ANISOTROPICALLY, NCS-RESTRAINTS USED FOR 20 GROUPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 2244 10 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 22758 95.7 %-
溶媒の処理Bsol: 34.4 Å2 / ksol: 0.293 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.494 Å2-7.373 Å20 Å2
2---9.494 Å20 Å2
3---18.988 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.405 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5079 0 165 328 5572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.97
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 2 Å2 / Rms dev position: 5 Å
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.82 Å / Total num. of bins used: 44 /
Rfactor反射数
Rfree0.385 32
Rwork0.38 353
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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