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万見
- PDB-1dk2: REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dk2
タイトルREFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA
要素DNA POLYMERASE BETA
キーワードTRANSFERASE / DNA-BINDING / DEOXYRIBOSE 5'-PHOSPHATE LYASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / response to gamma radiation / base-excision repair / spindle microtubule / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / microtubule / DNA replication / in utero embryonic development / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / inflammatory response / apoptotic process / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Nucleotidyltransferase superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Maciejewski, M.W. / Prasad, R. / Liu, D.-J. / Wilson, S.H. / Mullen, G.P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Backbone dynamics and refined solution structure of the N-terminal domain of DNA polymerase beta. Correlation with DNA binding and dRP lyase activity.
著者: Maciejewski, M.W. / Liu, D. / Prasad, R. / Wilson, S.H. / Mullen, G.P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Three-Dimensional Solution Structure of the N-terminal Domain of DNA Polymerase beta and Mapping of the ssDNA Interaction Interface
著者: Liu, D.-J. / Prasad, R. / Wilson, S.H. / DeRose, E.F. / Mullen, G.P.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Assignments of 1H, 15N, and 13C Resonances for the Backbone and Side Chains of the N-terminal Domain of DNA Polymerase beta. Determination of the Secondary Structure and Tertiary Contacts
著者: Liu, D.-J. / DeRose, E.F. / Prasad, R. / Wilson, S.H. / Mullen, G.P.
履歴
登録1999年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42024年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5011
ポリマ－9,5011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100THE SELECTION UTILIZED THE LOWEST ENERGY STRUCTURES WITH NO NOE VIOLATIONS EXCEEDING 0.3 ANGSTROMS AND NO DIHEDRAL VIOLATIONS EXCEEDING 0.3 DEGREES.
代表モデルモデル #10lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE BETA / E.C.2.7.7.7


分子量: 9501.103 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-87 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PRSET-8K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06766, DNA-directed DNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1152D NOESY
2223D 15N-SEPARATED NOESY
1343D 13C-SEPARATED NOESY
143HMQC-J
NMR実験の詳細Text: PROTEOLYTIC PROCESSING REMOVES THE N-TERMINAL MET IN A BACTERIAL EXPRESSION SYSTEM (SEE KUMAR ET AL., (1990) J. BIOL. CHEM. 265, 2124-2131).

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
12.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL
22 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 100MM NACL
34 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 400MM NACL
42.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL
51.4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87); 5MM TRIS-D11; 400MM NACL
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1400 mM NACL 6.7 AMBIENT 300 K
2100 mM NACL 6.8 AMBIENT 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE GN500GEGN5005001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR4.3VARIANcollection
Felix95HARE, BIOSYM解析
XEASY1.3.13BARTELSデータ解析
DYANA1.5GUENTERT構造決定
X-PLOR4BRUNGER精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE NMR RESTRAINTS INCLUDED 921 USEFUL NOE DETERMINED UPPER DISTANCE RESTRAINTS, 41 HYDROGEN BONDS, AND 135 PHI AND CHI TORSION ANGLE RESTRAINTS. STRUCTURES WERE CALCULATED IN THE PROGRAM ...詳細: THE NMR RESTRAINTS INCLUDED 921 USEFUL NOE DETERMINED UPPER DISTANCE RESTRAINTS, 41 HYDROGEN BONDS, AND 135 PHI AND CHI TORSION ANGLE RESTRAINTS. STRUCTURES WERE CALCULATED IN THE PROGRAM DYANA USING TORSION ANGLE DYNAMICS. THE CALCULATION STARTED WITH 100 RANDOMIZED STRUCTURES. THE 50 STRUCTURES WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION WERE THEN REFINED WITHIN XPLOR USING SIMULATED ANNEALING. THE 25 LOWEST ENERGY STRUCTURAL CONFORMERS WERE SELECTED TO REPRESENT THE ENSEMBLE.THE 25 REFINED STRUCTURAL CONFORMERS DISPLAYED NO NOE VIOLATIONS >0.3 ANGSTROMS AND NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS >3 DEGREES. THE MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE WAS CALCULATED FROM THE MEAN POSITION OF THE COORDINATES FOR THE 25 STRUCTURAL CONFORMERS AND WAS REFINED BY POWELL ENERGY MINIMIZATION IN XPLOR USING FULL NMR RESTRAINTS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: THE SELECTION UTILIZED THE LOWEST ENERGY STRUCTURES WITH NO NOE VIOLATIONS EXCEEDING 0.3 ANGSTROMS AND NO DIHEDRAL VIOLATIONS EXCEEDING 0.3 DEGREES.
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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