PDB-1djf: NMR STRUCTURE OF A MODEL HYDROPHILIC AMPHIPATHIC HELICAL BASIC PEPTIDE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1djf

タイトル

NMR STRUCTURE OF A MODEL HYDROPHILIC AMPHIPATHIC HELICAL BASIC PEPTIDE

要素

GLN-ALA-PRO-ALA-TYR-LYS-LYS-ALA-ALA-LYS-LYS-LEU-ALA-GLU-SER

キーワード

DE NOVO PROTEIN / HYDROPHILIC AMPHIPATHIC BASIC HELIX PEPTIDE MODEL

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS ENERGY MINIMIZATION

Model type details

minimized average

データ登録者

Montserret, R. / McLeish, M.J. / Bockmann, A. / Geourjon, C. / Penin, F.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Involvement of electrostatic interactions in the mechanism of peptide folding induced by sodium dodecyl sulfate binding.
著者: Montserret, R. / McLeish, M.J. / Bockmann, A. / Geourjon, C. / Penin, F.

履歴

登録	1999年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1djf.cif.gz	11.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1djf.ent.gz	6.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1djf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1djf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1djf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1dn3C 1dngC 1rhp C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLN-ALA-PRO-ALA-TYR-LYS-LYS-ALA-ALA-LYS-LYS-LEU-ALA-GLU-SER

1.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 50	restraint violation and low energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	GLN-ALA-PRO-ALA-TYR-LYS-LYS-ALA-ALA-LYS-LYS-LEU-ALA-GLU-SER 分子量: 1607.890 Da / 分子数: 1 / 断片: HUMAN PLATELET FACTOR 4, SEGMENT 56-70 / 変異: L59A, I63A, I64A, L68A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS MODEL PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	1H-13C-HSQC
1	5	1	1H-13C-HSQC-TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR AND 1H-13C HETERONUCLEAR METHODS.

-
試料調製

詳細	内容: 10MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.0
試料状態	イオン強度: 10mM SODIUM PHOSPHATE / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	VARIAN INC.	collection
X-PLOR	3.1	BRUNGER, A.T.	構造決定
X-PLOR	3.1	BRUNGER, A.T.	精密化

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS ENERGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 136 RESTRAINTS, 126 OF WHICH BEING NOE- DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS AND 10 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS.

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: restraint violation and low energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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