PDB-1dng: NMR STRUCTURE OF A MODEL HYDROPHILIC AMPHIPATHIC HELICAL ACIDIC P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dng

タイトル

NMR STRUCTURE OF A MODEL HYDROPHILIC AMPHIPATHIC HELICAL ACIDIC PEPTIDE

要素

HUMAN PLATELET FACTOR 4, SEGMENT 59-73

キーワード

DE NOVO PROTEIN / HYDROPHILIC AMPHIPATHIC ACIDIC HELIX PEPTIDE MODEL

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS, ENENRGY MINIMIZATION

Model type details

minimized average

データ登録者

montserret, R. / McLeish, M.J. / Bockmann, A. / Geourjon, C. / Penin, F.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Involvement of electrostatic interactions in the mechanism of peptide folding induced by sodium dodecyl sulfate binding.
著者: Montserret, R. / McLeish, M.J. / Bockmann, A. / Geourjon, C. / Penin, F.

履歴

登録	1999年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年3月14日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2018年8月29日	Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_nat ...entity / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / struct Item: _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.5	2024年4月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dng.cif.gz	11.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dng.ent.gz	6.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dng	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1djfC 1dn3C 1rhp C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mlw-2 5e5v-d 5mlw-3 2lwv-d 6c3t-d 5v65-5 5v65-7 5v65-11 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HUMAN PLATELET FACTOR 4, SEGMENT 59-73

1.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 50	BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	HUMAN PLATELET FACTOR 4, SEGMENT 59-73 分子量: 1607.692 Da / 分子数: 1 / 断片: HUMAN PLATELET FACTOR 4, SEGMENT 59-73 変異: L62A, K64E, K65E, I66A, I67A, K68E, K69E, L71A, E72K 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / キーワード: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 参照: GenBank: 209286

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	DQF COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	1H-13C HSQC
1	5	1	1H-13C HSQC TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR AND 1H-13C HETERONUCLEAR METHODS

-
試料調製

詳細	内容: 10 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.0
試料状態	イオン強度: 10mM / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	VARIAN INC.	collection
X-PLOR	3.1	BRUNGER A.T.	構造決定
X-PLOR	3.1	BRUNGER A.T.	精密化

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS, ENENRGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON 228 RESTRAINTS, 220 OF WICH ARE NOE DIRIVED DISTANCE CONSTRAINTS AND 8 ARE DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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