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- PDB-1dj7: CRYSTAL STRUCTURE OF FERREDOXIN THIOREDOXIN REDUCTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dj7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FERREDOXIN THIOREDOXIN REDUCTASE
要素
  • FERREDOXIN THIOREDOXIN REDUCTASE: CATALYTIC CHAIN
  • FERREDOXIN THIOREDOXIN REDUCTASE: VARIABLE CHAIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / 4FE-4S CLUSTER BINDING FOLD WITH CXCX16CXCX8CXC BINDING MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-thioredoxin reductase activity / ferredoxin:thioredoxin reductase / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic subunit, cyanobacteria-type / Ferredoxin Thioredoxin Reductase / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / SH3 type barrels. - #50 ...Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic subunit, cyanobacteria-type / Ferredoxin Thioredoxin Reductase / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dai, S. / Schwendtmayer, C. / Schurmann, P. / Ramaswamy, S. / Eklund, H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Redox signaling in chloroplasts: cleavage of disulfides by an iron-sulfur cluster.
著者: Dai, S. / Schwendtmayer, C. / Schurmann, P. / Ramaswamy, S. / Eklund, H.
履歴
登録1999年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN THIOREDOXIN REDUCTASE: CATALYTIC CHAIN
B: FERREDOXIN THIOREDOXIN REDUCTASE: VARIABLE CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2934
ポリマ－21,8462
非ポリマー4482
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.296, 45.296, 172.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN THIOREDOXIN REDUCTASE: CATALYTIC CHAIN


分子量: 13274.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55389
#2: タンパク質 FERREDOXIN THIOREDOXIN REDUCTASE: VARIABLE CHAIN


分子量: 8570.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55781
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.11 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: AMSO4, SODIUM ACETATE, MGCL2, TRIETHANOLAMINE-CL BUFFER PH 7.3, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
pH: 7.3
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
117 mg/mlprotein1drop
220 mMtriethanolamine-HCl1drop
32.0 Mammonium sulfate1reservoir
42.0 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 M1reservoirNaAc
6100 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8345
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→15 Å / Num. all: 30061 / Num. obs: 26709 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.93
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Num. unique all: 5155

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
SHARP位相決定
REFMAC精密化
精密化解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: MAXIMUL LIKELYHOOD ON FS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1187 -RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.264 23142 --
obs0.264 21955 93.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1396 0 13 147 1556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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